پس از عمليات نصر و شهادت جمع کثيري از همرزم هاي مهدي در کربلاي خونين هويزه، روز بيست و چهارم اسفند ماه سال 1359، وي و چند تن از همرزم هايش به تهران حرکت کردند و دو روز بعد از آن به سپاه انقلاب پيوست.  شهيد خندان ، پس از طي مراحل پذيرش در سپاه منطقه 10 تهران، روز 31 فروردين ماه سال 1360 براي طي دوره ي آموزشي ويژه سپاهيان پاسدار، به پادگان امام حسين (ع) اعزام شد. روز بيست و دوم خرداد ماه سال 1360 براي آغاز خدمت رسمي اش در سپاه خود را به پادگان ولي عصر(عج) سپاه منطقه 10 تهران معرفي کرد و به واحد عمليات سپاه ملحق شد. اين واحد در آن ايام با تشکيل واحدهاي ضد تروريستي ويژه موسوم به گشت سيار ثارالله و گشت سيار القارعه به مقابله با تحرکات تروريستي گروهک منافقين و همگرايان چپ و ملي- مذهبي نماي آنان برخواست.

حوزه استحفاظي اين سپاه ، منطقه وسيعي را شامل مي شد، يعني در شمال دشت ذهاب ، ارتفاع گاوميشان و رو به سمت کوه بمو. مهدي پس از تحقيق و تفحص دقيق ساختار جمعيتي منطقه  ريجاب ، دريافت که با مردم آن خطه ي آشوب زده مي شودکنار آمد. در وهله نخست، برنامه اعتمادسازي را با کار بر روي طايفه (قلخاني) شروع کرد. قلخاني ها اکثريت اهالي منطقه را شامل مي شدند که تحت تاثير خوانين سلطنت طلب تحت الحمايه رژيم بعث ، از قبيل (سردار جاف) و براي تامين معيشت زنان و کودکانشان ، به ضد انقلابيون متکي شده بودند.

ظرف کمتر از دو ماه ، مهدي موفق شد از بين همان تفنگچي هاي نادمي که به ايشان امان نامه داده بودند، واحدهاي رزمي عشايري بسيار کارآمدي را تشکيل بدهد . با استفاده از آن ها امنیت را به منطقه بازگرداند.

مهدي پس از گذشت 2ماه از حضور در سپاه با تلاش فراوان توانست رضايت مسئولين را جهت اعزام به جبهه غرب بگيرد. وي ششم شهريور ماه سال 1360 ، به همراه نيروهاي گردان 8 سپاه تهران رهسپار جبهه ي سرپل ذهاب شد. ايشان طي حکمي از جانب شهيد محسن حاجي بابا فرمانده سپاه سرپل ذهاب ، رسماً به عنوان فرمانده سپاه ريجاب و دالاهو منصوب شد.

در اين نبرد که هفت شبانه روز بي وقفه ادامه داشت، 500 تن از قواي دشمن کشته و صدها تن نيز مجروح و مفقود شدند. مهدي در اين نبرد بسيار خوب درخشيد و جايگاه خود را به عنوان يکي از فرماندهان عملياتي زبده ي سپاه در جبهه ي غرب، تثبيت کرد.  

عمليات امير المومنين «ع» با رمز زيارت نجف، شروع شد. عرصه عمليات، منطقه ي محمودي شمال دشت ذهاب و غرب جوانمرود بود. سپاه ريجاب ، به فرماندهي مهدي خندان و سپاه جوانرود محور دالاهو به فرماندهي برادر طهماسبي، ضمن حرکتي هماهنگ، در مساحتي 100 کيلومتري وارد عمل شدند.

با آغاز عمليات مطلع الفجر در منطقه  عملياتي گيلان غرب ، روز 21 آذرماه سال 1360 در منطقه ي عملياتي ريجاب غرب و ارتفاعات گاري، مهدي خندان نخستين نبردي را که از مرحله شناسايي و طرح ريزي تا پايان مراحل تصويب آن شخصاً عهده دار بود، آغاز کرد.

در اواسط آذرماه سال 1361 حاج محمد ابراهيم همت رسماً از مهدي خندان درخواست کرد تا به لشگر 27 محمد رسول الله ملحق شود.

سرانجام اوايل دي ماه سال 61 روز عزيمت مهدي خندان از خطه ي ريجاب فرا رسيد. مردم منطقه با قلب هايي به درد آمده مهدي را بدرقه مي کردند، اما هنوز در ريجاب هستند مادراني که قصه ي مهرباني هاي جوان سبزه روي و سبز پوشي به نام مهدي خندان را هر شبانگاهان در گوش کودکانشان نجوا مي کنند. حاج همت فرمانده بسيجي را به دست فرمانده اي لايق سپرد تا از او درس عشق و ايثار بگيرند و در تيرماه سال 62 به دستور حاج همت جانشيني تيپ يکم عمار لشگر 27 به مهدي محول شد. در اين زمان بود که مهدي به سنت پيامبر اکرم (ص) جامه ي عمل پوشاند و پاي سفره ي عقد نشست.

سرانجام در بيست و هشتم آذرماه سال 62 در منطقه ي پنجوين هنگام عميات والفجر 4 در اثر اصابت تيربار به آرزوي ديرينه  خويش نائل آمد و عاشقانه را هی ديار عشق شد و شهد شهادت نوشيد. بعد از گذشت چندين سال (حدود 10 سال ) پيکر پاک و مطهر شهيد رجعت نمود و در گلزار شهدا لواسانات به خاک سپرده شد تا مزارش سکينه اي باشد براي دل بي قرار مادر چشم انتظارش.

فعاليتهاي مهم عبادي و معنوي: شهيد خندان به پرداخت خمس و زکات اهميت زيادي قائل بودند و همچنين ايشان قاري قرآن و مداح اهل بيت (ع) بودند.

فعاليتهاي مهم سياسي و اجتماعي: شهيد خندان هيچ وقت خانواده را از فعاليتهاي سياسي ، اجتماعي خويش مطلع نمي کردند.