سپس به علت نابسامانى وضع اقتصادى به ناچار به وطن خود بازگشته و در شهر تبريز زادگاه خود منزل گزيدم، درآنجا بيش از ده سال اقامت كردم و در واقع آن روزها روزهاى سياهى در زندگى من بود زيرا به علت نياز شديد مادى كه‏ براى گذراندن زندگى داشتيم از تفكر و درس دور گشته و به كشاورزى مشغول شدم،

زمانى كه در آنجا بودم احساس مىكردم كه عمرم تلف مى شود فقر و تهيدستى روح مرا تيره و تار نموده و ابرهاى درد و رنج بر روى من سايه مى گستراندند، چرا كه از درس و تفكر دور بودم، تا اينكه ديده خود را بر وضع زندگيمان بستم و شهر تبريز را به مقصدشهر مقدس قم ترك گفتم.

هنگامى كه به اين شهر وارد شدم احساس كردم از آن زندان رنج و درد رهايى يافتم، و خداى منان را شاكرم كه دعاى مرا اجابت نمود و در راه علم و آماده سازى رجال دين و تربيت نسل صالح براى خدمت به اسلام و شريعت محمدى صلى الله عليه و آله، توفيق را نصيب من ساخت،

البته براى هر كس در طول زندگى به مقتضاى شرايط روزهاى تلخ و شيرينىوجود دارد، به خصوص براى من از اين جهت كه مدتى از عمر خود را با يتيمى و دورى از دوستان خود گذراندم و باتمام وجود درد يتيمى را لمس كردم و با حوادث دردناكى در طول زندگى خود روبرو شدم ولى خداوند منان مرا از يادنبرده، لحظهاى به خود وا نگذاشت. و همواره با نفحات قدسىاش مرا در لغزشگاههاى خطرناك يارى كرده است واحساس مىكنم كه گوئى قدرتى پنهانى مرا به خود جذب نموده و تمام موانع را از سر راه من برداشته است.

علامه طباطبايي در زندگي‌نامه خويش مي‌گويد: «در اوايل تحصيل كه به صرف و نحو اشتغال داشتم علاقه زيادي به ادامه تحصيل نداشتم و از اين روي هر چه مي‌خواندم نمي‌فهميدم و چهار سال به همين نحو گذرانيدم، پس از آن يك باره «عنايت خدايي» دامن‌گيرم شد و عوضم كرد و در خود يك نوع شيفتگي و بي‌تابي نسبت به تحصيل كمال حسن نمود به طوري كه از همان روز تا پايان تحصيل كه تقريبا هجده سال طول كشيد، هرگز نسبت به تعليم و تفكر احساس خستگي و دلسردي نكردم و زشت و زيباي جهان را فراموش كردم، بساط معاشرت با غيراهل علم را به كلي برچيدم و در خورد و خواب و لوازم ديگر زندگي به حداقل ضروري قناعت نموده باقي را به مطالعه مي‌پرداختم، بسيار مي‌شد (به ويژه در بهار و تابستان) كه شب را تا طلوع آفتاب به مطالعه مي‌گذارندم و هميشه درس فردا شب را از پيش مطالعه مي‌كردم، اگر اشكالي پيش مي‌آمد با هر خودكشي بود حل مي‌نمودم. وقتي كه به درس حضور مي‌يافتم از آن چه استاد مي‌گفت قبلا روشن بودم. هرگز اشكال و اشتباه درس را پيش استاد نبرده‌ام.»

علامه با وجود حجم زياد كارهايش، هيچ وقت از خانواده خود غافل نمي‌شد. هميشه در برنامه روزانه‌اش ساعتي را به خانواده‌اش اختصاص مي‌داد و آن را بهترين اوقاتش مي‌دانست و مي‌گفت: «اين ساعت تمام ناراحتي‌هايم را برطرف مي‌كند.» علامه در خانه هم مثل بقيه جاها هرگز عصباني نمي‌شد و اعضاي خانواده‌اش صداي بلند حرف زدنش را نشنيده بودند. بچه‌هايش را بسيار دوست داشت، با آن‌ها مهربان و خوش‌رفتار بود و تا اندازه‌اي كه مي‌توانست وقتش را صرف بازي با آن‌ها و سرگرم كردنشان مي‌كرد. دخترها را تحفه‌هاي ارزنده و نعمت‌هاي خداوندي مي‌دانست و مي‌گفت: «اين‌ها امانت خدا هستند هر چه به اين‌ها بيشتر احترام بگذاريم، خدا و پيغمبر خوشحال‌تر مي‌شوند.» حتي نام آن‌ها را هم با پسوند سادات صدا مي‌زد و با آن‌ها با احترام و محبت بيشتري رفتار مي‌كرد تا در زندگي آينده‌شان همسران خوب و بانشاط و مادران شايسته و لايقي باشند. وقتي دخترهايش به خانه بخت رفتند، هر هفته به انتظار ديدن‌شان مي‌نشست خودش از آن‌ها پذيرايي مي‌كرد و حتي نمي‌گذاشت آن‌ها برايش چاي بياورند. مي‌گفت: «نه!‌ شما مهمان هستيد و سيد، من نبايد به شما دستور بدهم.

درباره حیات این ابرمرد علم و عرفان، بسیار گفته و شنیده‌ایم. امروز اما حکایتی ناب بشنویم از مماتش. 

حجت الاسلام والمسلمین رسول جعفریان در کتاب «مقالات و رسالات تاریخی‌« (دفتر چهارم)، از زبان حجت الاسلام محمد حسین اشعری فرزند مرحوم آیت الله علی اصغر اشعری قمی، از همدرسان امام راحل این گونه آورده‌: «علامه طباطبایی این اواخر بیماری پارکینسون گرفت و تقریبا آخر کاری فلج شد تا گردن. این اواخر در بیمارستان آیت الله گلپایگانی بستری شد. من سه شبانه روز اکثر اوقات آنجا بودم و ایشان در حالت اغماء بود. روزی دکتر منافی وزیر بهداری وقت آمد به بیمارستان برای ملاقات با ایشان. وقتی وضع او را دید تلفن کرد که هلکوپتر بفرستند تا او را به تهران منتقل کنیم. من مخالفت کردم و گفتم ایشان چند ساعتی بیشتر زنده نیست. اما قبول نکرد.

همان وقت آیت الله گلپایگانی آمد که دید ایشان در حال اغماء است، این مساله را با ایشان مطرح کردم و به ایشان گفتم: شما امر کنید دکتر منافی این کار را نکند. ایشان دکتر منافی را صدا زد و از او خواست تا عصر صبر کنند. اگر جوری بود که می شود او را منتقل کرد آن وقت منتقل کنید. بالاخره یکی دو ساعت بعد درگذشت، من تلفنا فوت ایشان را به آقای خمینی اطلاع دادم، ایشان فرمودند: در باره قبر ایشان هر کجا را صلاح می دانید اقدام کنید. به آقای مولایی هم دستور خواهیم داد. من به دنبال آقای مولایی آمدم تا محل قبر را تعیین کنیم. ایشان در کنار قبر مرحوم اشراقی و انگجی جایی را معرفی کرد. من مخالفت کردم و گفتم علامه طباطبایی به عنوان مفسر و فیلسوف باید قبرش جایی باشد که مردم راحت تر و آشکارتر سر قبر ایشان بیایند.

آنچه آقای مولایی اصرار کرد من مخالفت کردم. بعد آمدم جایی را که قبر فعلی ایشان است نشان دادم، ایشان گفت اینجا پایه های سقف است و تمام بتون آرمه است و قابل شکافتن نیست، من نپذیرفتم. ایشان گفت: حتی اگر بشود شکافت، اینجا قبر علماست و ما مجاز به شکافتن نیستیم. من گفتم: این مساله را حل می کنم. معمارها را بیاورید تا نظر بدهند که می شود شکاف داد یا نه. و ثانیا آقای نجفی در وقت ساختن مسجد بالاسر فهرست قبور را برداشت.

از ایشان می پرسیم که آیا قبر عالمی در اینجا هست یا خیر. غروب شد و آقای نجفی آمد. بعد از نماز داستان را شرح دادم و خواستم ایشان بیاید شرح بدهد که اینجا قبری از علما بوده است یا نه. ایشان آمد و گفت: تا آنجا که من صورت برداری کرده ام اینجا قبر کسی نیست. آقای مولایی گفت: چه اصراری دارید. من گفتم: نه اینجا که قبر نیست. بر فرض هم بتون باشد، امتحانش آسان است. بالاخره به این امر تن دادند و شب درها را بستند و قالی را کنار زدند و عمله آوردند تا بشکافند. سنگ مرمر را برداشتند. موزائیک را هم برداشتند، خبری از بتون نبود. خاک و خاشاک را برداشتند یک مرتبه هر چه کلنگ زدند صدا می کرد. آقای مولایی گفت: من عرض کردم اینجا بتون است. من مخالفت کردم و گفتم: ببینیم چرا صدا می کند. دیدیم آجرهای بزرگ است. برداشتند، در این وقت با کمال شگفتی دیدیم یک قبر آماده و ساخته آن جا هست بدون این که ذره ای چیزی از استخوان و غیره در آن باشد. آقای مولایی گفت: این واقعا شبیه معجزه است، همانجا آقای طباطبائی را دفن کردند.»