4. ارتباط او با حضرت امام در زمان تبعید امام در نجف ارتباط جالبی است. او مرجعیت سیاسی امام را کاملاً قبول دارد و از این حیث به #آیت‌الله_خویی انتقادات جدّی وارد می‌کند. گرچه همواره نسبت به او احترام ویژه نگاه داشت و هرگز این انتقادات را علنی نکرد تا شکافی ایجاد نشود. در یک مورد وقتی شرایط سیاسی بر شیعیان سخت می‌شود چاره را در انتخاب مدل جد بزرگوارش اباعبدالله صلوات‌الله‌علیه می‌بیند. به این صورت که در حرم #امیرالمؤمنین علیه‌الصلوةوالسلام علیه رژیم به همراه معدودی از شاگردانش قیام کند و به همراه یاران به #شهادت برسد؛ و به برخی دیگر از شاگردانش مأموریت بدهد که زینب‌وار دلایل این قیام را برای مردم تبیین کنند؛ بلکه خون او موجب برگشتن شرایط سیاسی و #هدایت مردم شود. برای انجام این کار تنها با امام مشورت می‌کند. امام پس از فکر کردن طولانی، در نتیجه‌بخش بودن این تصمیم تردید وارد می‌کنند و به این ترتیب تکلیف از دوش او برداشته می‌شود. در تمامی زندگی سیدمحمدباقر چنین رویکرد انقلابی‌ای به چشم می‌خورد. از سن 22 سالگی و تأسیس حزب‌الدعوه (که 96 تن از سرانش طی یک روز توسط صدام اعدام شدند)، تا روزهای حصر و آخر، چنین رویکردی کاملاً وجود دارد.