پس از گذشت چند ماه از انقلاب، در کابینه مهدی بازرگان به سمت وزیر آموزش و پرورش منصوب شد.مسئولیتش بعد از استعفای بازرگان نیز با حکم سید روح‌الله خمینی ادامه یافت. در انتخابات دوره نخست مجلس شورای اسلامی در ۲۴ اسفند ۱۳۵۸ نام او در لیست فهرست ائتلاف بزرگ، لیست مشترک جامعه روحانیت مبارز و حزب جمهوری اسلامی قرار داشت. او با کسب یک میلیون و دویست و نه هزار و دوازده رأی به عنوان نماینده مردم تهران به مجلس اول راه یافت.
ترور
رجایی در ساعت ۱۴:۳۰ روز ۸ شهریور ۱۳۶۰ از اتاق کارش خارج شد و به محل جلسه فوق‌العاده دولت رفت. در ساعت ۱۵:۰۰ صدای انفجار مهیبی از ساختمان نخست‌وزیری برخاست. در این حمله، او و محمدجواد باهنر،نخست‌وزیر وقت جان باختند. در این هنگام کمتر از یک ماه از ریاست‌جمهوری او می‌گذشت. این ترور نیز همانند بمب‌گذاری در دفتر حزب جمهوری اسلامی توسط سازمان مجاهدین خلق ایران انجام شد. سیگارچی یکی از نویسندگان بخش فارسی صدای آمریکا می‌گوید مقام‌های حکومت ایران این ترور را به گروه‌های ناراضی چون مجاهدین خلق نسبت دادند اما گروه‌های اسلامی چپ و راست، هنوز هم یکدیگر را به دست داشتن در این ترورها متهم می‌کنند.پرویز یعقوبی از اعضای سابق سازمان مجاهدین در اینباره می‌گوید: «ما در شورای سازمان تصمیم گرفتیم که این‌طور کارهای انفجاری را انجام ندهیم، اما بعد که آن انفجار رخ داد فهمیدیم کار شخص مسعود رجوی بود. یعنی دستور مستقیم مسعود بود اما دیگر اعضای شورا خبر نداشتند. بعد از اینکه اتفاق افتاد سایر اعضای شورا هم به ناچار پذیرفتند.»
پس از سال‌ها تکذیب، سرانجام با سقوط دولت بعث عراق و انتشار فیلم‌های خصوصی دیدار مسعود رجوی با صدام و دیگر مسئولان حزب بعث عاملیت سازمان مجاهدین خلق در ترور رئیس جمهور ایران ثابت شد. در یکی از این فیلم‌ها مسعود رجوی اعتراف می‌کند که ترور رجایی و باهنر توسط او و سازمان مجاهدین و با اطلاع دولت‌های آمریکا و فرانسه انجام شده است.
پس از قتل رجایی و باهنر، شورای موقت ریاست‌جمهوری متشکل از اکبر هاشمی رفسنجانی رئیس مجلس شورای ملی و سید عبدالکریم موسوی اردبیلی رئیس دیوان عالی کشور تشکیل شد و به پیشنهاد این شورا و تصویب مجلس، در ۱۱ شهریور محمدرضا مهدوی کنی به نخست‌وزیری رسید. تا اینکه با برگزاری انتخابات دوباره در مهر ۱۳۶۰ (انتخابات ریاست جمهوری دوره سوم) سید علی خامنه‌ای به ریاست جمهوری برگزیده شد.
خانه محمدعلی رجایی واقع در تهران، خیابان ایران (خیابان عین الدوله سابق) تبدیل به موزه شده و برای بازدید عموم آزاد است.
✨🌹✨
فعالیتـ امروز موڼـ رو هم ✨
نذر ظهور آقا صاحبـ الزماڼـ عج🤲🏼میکنیمـ
اڼ شاءالله مورد پسند آقا قرار گرفتهـ باشهـ❤️
خادمین عزیز اجرتون با امام زمان‌عج💐
نمی‌گم شبٺون شهدایے
ڪه‌خیریسٺ
به‌ڪوتاهی‌شب💫
می‌گویم
#عاقبتتان‌شهدایے
ڪه‌خیریست
به‌بلندے سرنوشت:)
#عاقبتتون‌شهدایے
↫♡خواب‌ڪربلا‌نصیبتون🌺
~🦋~ @mesbaholhodaANSAROLHOSEIN
امام مهربانم . . .
بِنَفْسي أنْتَ مِنْ تِلادِ نِعَمٍ لا تُضاهی
ای نعمت خاصّ خدا سلام ؛
به قَلبَت سلام ؛
به چَشمَت سلام ؛
به رنج و به بغض و به صبرت سلام
اللّهُمّ عَجّلْ لِوَلیّکَ الفَرج
#سلام_امام_مهربانم
صبحت بخیر
±دعایےڪه‌درزمان‌غیبٺ‌بایدهرروز
خوانـدھ‌شـود↯
اللهُمَّ‌عَرِّفنیِ‌نَفْسَکَ،
فَاِنَّکَ‌اِنْ‌لَمْ‌تُعَرِّفنی‌نَفْسَکَ‌لَمْ‌اَعرِفْ‌رَسُولَکَ،
اَللهُمَّ‌عَرِّفنی‌رَسُولَکَ،
فاِنَّکَ‌اِنْ‌لَمْ‌تُعَرِّفْنی‌رَسُولَکَ‌لَمْ‌اَعرِّفْ‌حُجَّتَکَ،
اللهُمَّ‌عَرِّفنی‌حُجَّتکَ‌فَاِنَّکَ‌اِنْ‌لَْم
تُعَرِّفنی‌حُجَّتکَ‌ضَلَلْتُ‌عنْ‌دِینیِ🌸/"
±طبق‌روایٺ‌امام‌صادق﴿؏﴾این‌دعاباعث ثابٺ‌ماندن‌ایمان‌درآخرالـزمان‌می‌شود↯
یااَللَّهُ‌یارَحْمن‌یارَحِیمُ
یامُقَلِّبَ‌القُلُوبِ
ثَبِّتْ‌قَلْبِیِ‌عَلی‌دِینک
إِنَّهُمْ‌یَرَوْنَهُ‌بَعیداًوَنَراهُ‌قَریباً🤍)"