رئیسی به عنوان یکی از اعضای هیئت سه‌نفره ویژه بررسی موضوع آزار جنسی از سوی رئیس وقت قوه قضاییه انتخاب شد. هیئت ویژه در تاریخ ۱۲ سپتامبر ۲۰۰۹، با رد اتهامات مهدی کروبی، پیشنهاد داد که با افرادی که با نشر اکاذیب و ایراد تهمت و افتراء موجب تشویش اذهان عمومی و باعث هتک حیثیت و اعتبار نظام شده‌اند، برخورد قاطع صورت گیرد. (۲٠)

رئیسی با حکم سید علی خامنه‌ای به مدت ده سال، عضو هیئت امنای ستاد اجرایی فرمان امام بود. وی از سوی محمود احمدی‌نژاد به عنوان یکی از گزینه‌های پیشنهادی تصدی وزارتخانه‌های اطلاعات و دادگستری در مرداد ۱۳۸۴ به کمیسیون‌های مجلس شورای اسلامی معرفی شده  (۲۱)

وی در تاریخ ۱۷ اسفند ۱۳۹۴ با حکم سیدعلی خامنه‌ای به سمت تولیت آستان قدس رضوی منصوب شد. او دومین نفر پس از عباس واعظ طبسی است که در جمهوری اسلامی، تولیت آستان رضوی را بر عهده می‌گیرد. (۲۲)

از رئیسی به عنوان گزینهٔ احتمالی جریان راست برای شرکت در انتخابات نام برده می‌شد؛ جبهه مردمی نیروهای انقلاب اسلامی (جمنا) و جبهه پایداری انقلاب اسلامی از او برای شرکت در دوازدهمین دوره انتخابات ریاست جمهوری ایران دعوت کردند. در روز ۱۷ فروردین ۱۳۹۶، او برای کاندیداتوری انتخابات ریاست جمهوری اعلام آمادگی کرد. و در تاریخ ۲۵ فروردین ۱۳۹۶ با حضور در وزارت کشور جمهوری اسلامی ایران به عنوان نامزد دوازدهمین دوره انتخابات ریاست جمهوری ایران ثبت‌نام نمود و در ۳۱ فروردین ۱۳۹۶ صلاحیت او نزد شورای نگهبان احراز شد (۲۳)

نصرالله شاه آبادی مجتهد شیعه طی نامه‌ای از ابراهیم رئیسی خواست از ساحت علی بن موسی الرضا عذر خواهی کرده و از رقابت‌ها انصراف دهد. به عقیده شاه آبادی، ابراهیم رئیسی شخصی است که حاضر شد مسند تولیت آستان قدس رضوی و خدمت به علی بن موسی الرضا که سیادت عالم در آن مسند هست را برای شرکت در رقابت‌های انتخاباتی ریاست جمهوری ترک کند (۲۴)

رئیسی در پاسخ استدلال کردکه با این که «بهترین شغل یعنی خادمی علی‌بن موسی الرضا و زوار بزرگوارش» را دارد و هیچ کاری برایش از این بالاتر و شیرین‌تر نیست؛ اما وضعیت نامطلوب مدیریت جامعه وظیفهٔ جدیدی برای حضور در انتخابات ایجاب می‌کرد. (۲۵)

در هفته منتهی به انتخابات، محمدباقر قالیباف شهردار تهران و از دیگر نامزدهای انتخابات به نفع رئیسی کناره‌گیری کرد. (۲۶)

هم چنین تعدادی از اعضای دولت‌های نهم و دهم در طول رقابت انتخاباتی از رئیسی حمایت کردند و سعی کردند حمایت محمود احمدی‌نژاد را برای او کسب نمایند اما محمود احمدی‌نژاد حاضر به حمایت از رئیسی نشد. (۲۷)

در نهایت در انتخابات ریاست جمهوری ایران که در تاریخ ۲۹ اردیبهشت ۹۶ برگزار شد، رئیسی با کسب ۱۵٬۷۸۶٬۴۴۹ رای و ۳۸٫۳۰٪ آرا نفر دوم شد و حسن روحانی با کسب ۲۳٬۵۴۹٬۶۱۶ رای و ۵۷٫۱۳٪ آرا پیروز انتخابات شد (۲۸)

این بالاترین رأی برای رقیب رئیس‌جمهور مستقر در تاریخ انتخابات ریاست‌جمهوری ایران است. پیش از این بالاترین میزان متعلق به میرحسین موسوی در انتخابات ریاست‌جمهوری ۱۳۸۸ بود با ۱۳ میلیون رأی و ۳۳٪ رأی‌ها (اختلاف ۳۰٪ با رئیس‌جمهور برگزیده) (۲۹)