به دنبال پیروزی انقلاب، سپهبد قرنی به سمت اولین رییس ستاد مشترک ارتش منصوب شد. شهید قرنی تحت فرماندهی امام راحل انجام امور ارتش را بر عهده گرفت و در روز 24 بهمن 57 با حضور در دفتر ریاست ستاد ارتش خطاب به حاضران گفت:"ارتش شاهنشاهی که می گفتند از مجهزترین ارتش های دنیاست و شاید هم از لحاظ وسایل و تجهیزات چنین بود, از آنجا که ایمان و اعتقاد نداشت, ظرف چند ساعت متلاشی شد. افراد ارتش اولا باید مومن باشند , ثانیا آرمان آنها حفظ استقلال میهن باشد نه حمایت از یک فرد" شهید قرنی، فعالیت خود را برای تصفیه و بازسازی و توان مکتبی بخشیدن به ارتش آغاز کرد اما با خشم گروههای چپی و منافقین مواجه شد و از جمله به تصرف پادگان سنندج اقدام کردند که با مقاومت شدید شهید قرنی مواجه شد. پس از این جریان، تنش ها و مخالفت هایی ایجاد شد و گروهک ها با تبلیغات منفی سعی کردند که دولت موقت را وادار به برکناری رییس ستاد ارتش کنند. سرانجام مهندس بازرگان نخست وزیر دولت موقت در 6 فروردین 1358 ایشان را از ریاست ستاد ارتش برکنار کرد.سپهید قرنی در روز3ردیبهشت 1358 در منزل خود توسط چند تروریست از گروهک ضاله فرقان به شهادت رسید. @Afsaran1357