انتقادات سیاسی شهید قرنی نسبت به حکومت طاغوت، از پایان سال ۱۳۳۵ و در دوران نخست وزیری حسین علاء آغاز شد و کم کم به نقطه اوج خود رسید و لذا چند ماه بعد از جایگاه رکن دوم ستاد ارتش برکنار شد. خود قرنی در این باره چنین میگوید: «به علت شغلی که داشتم، متوجه فساد دربار شدم. هم شخص محمدرضا پهلوی و هم اطرافیان او، به شدت در این فساد سهم داشتند. من که خودم را مسئول میدانستم، چندین بار بابت این موضوع به شخص اعلیحضرت تذکر دادم، اما نتیجه نداشت» شهید قرنی در سال ۱۳۳۹، متحمل ۲ سال و ۸ ماه زندان شد، از سال۱۳۴۱، مبارزات او علیه حکومت پهلوی پررنگتر شد؛ همزمان با آغاز مبارزه سیاسی حضرت امام خمینی (ره) علیه طاغوت، دلبستگی شهید قرنی به خواندن کتاب‌های سیاسی و مذهبی، او را نیز در زمرۀ شاگردان جنبش اسلامی امام (ره) وارد کرد و به چهره‌های مذهبی و انقلابی نزدیک شد؛ بنابراین ساواک در سال۱۳۴۲، او را به همراه شماری دیگر دستگیر و به مدت ۹ ماه در زندان انفرادی حبس کرد.