انتصاب شهید قدوسی به مقام دادستانی کل انقلاب هم به‌منظور پایان‌بخشیدن به برخی از بی‌ضابطگی‌ها و بی‌نظمی‌ها بود. امام (ره) با اعتماد کاملی که نسبت به مدیریت و تقوای ایشان داشتند، این سمت را به وی واگذاشتند. درجه اعتماد امام (ره) به شهید قدوسی چندان بود که چند نوبت آقای قدوسی به عللی استعفا دادند، ولی پذیرفته نشد. با آمدن او افراد زیادی تصفیه شدند، دادسرای کل و زندان اوین و بسیاری از دادگاه‌ها دقیقاً کنترل می‌شدند و تنها، انعطاف‌ناپذیری او بود که توانست در مقابل همه جریان‌ها بایستند و گاه یک‌تنه به جنگ خودمحوری‌ها و توطئه‌های فردی و جمعی برود. وی طلاب فاضل و متدین مدرسه را به همکاری خواند و با آن‌ها بسیاری از خلأ‌های ناشی از تصفیه‌ها را پر کرد. در موارد مشکوک فقهی و بسیاری از مسائل مختلف با امام (ره) ملاقات می‌کرد و پاسخ‌های لازم را می‌گرفت».