چگونگی ادای نماز نماز جعفر طیار به صورتِ دو نماز دو رکعتی با دو تشهد و سلام مستقل به ترتیب ذیل خوانده می‌شود. در ابتدای نماز، نیت نماز جعفر طیار کرده بعد تکبیرة الاحرام در رکعت اول بعد از حمد سوره «زلزال»، در رکعت دوم پس از حمد سوره «عادیات»، در نماز دوم پس از تکبیرة الاحرام و خواندن حمد، سوره «نصر» و در رکعت دوم نماز دوم پس از حمد «قل هو الله احد» خوانده می‏‌شود. در هر یک از رکعت‌‏ها بعد از حمد و سوره، ۱۵ مرتبه ذکر تسبیحات اربعه «سُبْحَانَ اللَّهِ وَ الْحَمْدُ لِلَّهِ وَ لا إِلَهَ إِلا اللَّهُ وَ اللَّهُ أَکبَرُ‌» و در رکوع هر رکعت همین ذکر ده مرتبه و پس از سر برداشتن از رکوع ده مرتبه و در سجده هر رکعت ده مرتبه و هنگام برداشتن سر از سجده‏‌ها نیز ده مرتبه این ذکر گفته می‏‌شود که در هر رکعت ۷۵ بار و در مجموع ۳۰۰ بار تکرار می‌شود. در رکوع و سجده می‌توان ذکر مخصوص ـ سبحان ربی ... ـ را نگفت، اما احتیاط مستحب آن است که علاوه بر تسبیحات، ذکر نیز گفته شود. ذکر «سُبْحَانَ اللَّهِ وَ الْحَمْدُ لِلَّهِ وَ لا إِلَهَ إِلا اللَّهُ وَ اللَّهُ أَکبَرُ» پس از قرائت حمد و سوره ۱۵ مرتبه در رکوع ۱۰ مرتبه هنگام ایستادن پس از رکوع ۱۰ مرتبه در سجده اول ۱۰ مرتبه پس از سجده اول ۱۰ مرتبه در سجده دوم ۱۰ مرتبه پس از سجده دوم ۱۰ مرتبه . مستحب است در سجده دوم رکعت دوم، بعد از تسبیحات بگوید : سُبْحانَ مَنْ لَبِسَ الْعِزَّ وَالْوَقارَ ، سُبْحانَ مَنْ تَعَطَّفَ بِالْمَجْدِ وَتَکَرَّمَ بِهِ ، سُبْحانَ مَنْ لَایَنْبَغِی التَّسْبِیحُ إِلّا لَهُ ، سُبْحانَ مَنْ أَحْصیٰ کُلَّ شَیْءٍ عِلْمُهُ ، سُبْحانَ ذِی الْمَنِّ وَالنِّعَمِ ، سُبْحانَ ذِی الْقُدْرَةِ وَالْکَرَمِ ، اللّٰهُمَّ إِنِّی أَسْأَلُکَ بِمَعاقِدِ الْعِزِّ مِنْ عَرْشِکَ ، وَمُنْتَهَی الرَّحْمَةِ مِنْ کِتابِکَ ، وَاسْمِکَ الْأَعْظَمِ وَکَلِماتِکَ التَّامَّةِ الَّتِی تَمَّتْ صِدْقاً وَعَدْلاً ، صَلِّ عَلیٰ مُحَمَّدٍ وَأَهْلِ بَیْتِهِ ، وَافْعَلْ بِی کَذا وَکَذا.