وسط خود مامون منتفی نیست. بنای احداث شده در زمان مامون در دوره وی وهمچنین در دوران خلافت معتصم و واثق عباسی از گزند حوادث مصون ماند.
مرحله ششم :تخریب توسط متوکل
در زمان خلافت متوکل (حکومت: ۲۳۲ ) مرقد امام حسین(ع) از جانب وی مورد تجاوز قرار گرفت. ابوالفرج اصفهانی در علت تخریب توسط متوکل بیان می‌دارد که وی کنیز آوازه خوانی را که همیشه برای مجالس عیش و نوشش دعوت می‌کرد، به قصر خود طلبید، اما ماموران وی اطلاع داند کنیز به زیارت قبر امام حسین(ع) رفته و این امر باعث ناراحتی متوکل شده واقدام به تخریب بقعه امام حسین(ع) کرد. اما شیخ طوسی علت تخریب را اجتماع طرفداران اهل بیت و بیم متوکل از این اجتماع می‌دارند. وی شخصی به نام دیزج یهودی را برای این کار اعزام کرد، در تخریب بقعه مسلمانان همراه وی احتیاط کردند بدین جهت دیزج یهودیان منطقه را استخدام کرده وبقعه را تخریب نمود.
پس از ویران کردن قبر زمین آن را شخم زده و آب بر آن جاری کردند. بنابر برخی گزارش‌ها، آب در اطراف مرقد به گردش درآمد و قبر را فرا نگرفت.حتی متوکل گروهی از مأموران خود را گرداگرد مرقد و راه‌های منتهی به آن گماشت و زائران را از زیارت قبر بازداشت و آنان را مورد پیگرد قرار داد. بنا بر بعضی اقوال وی دو مرتبه اقدام به تخریب بقعه کرد، یکبار در سال ۲۳۳ق و یکبار در سال ۲۳۶ق و در این فاصله بقعه تعمیر شده بود، که ویرانی دوم مهمتر بوده است.
مرحله هفتم: تجدید بنا به دست منتصر
منتصر عباسی فرزند متوکل درسال (۲۴۷ق) به حکومت رسید و بر خلاف پدرش مردم را به زیارت امام حسین(ع) تشویق می‌کرد،[ وی پس از کشتن پدرش اقدام به بازسازی مرقد امام حسین(ع) کرد و مناره‌ای برای راهنمایی زائران از راه دور ساخت. علاوه بر مناره این بنا دارای قبه، بارگاه، مسجد و صحن بوده است.این بنا در ذی الحجه سال ۲۷۳ قمری بر اثر حوادث طبیعی فرو ریخت.
مرحله هشتم: نوسازی و توسعه
در سال ۲۸۳ق محمد بن زید محمد برادر داعی کبیر، از نو بقعه امام حسین(ع) را بنا نهاد. وی قبۀ بزرگی ساخته و دو درب ورودی گذاشت. همچنین در مجاورت قبه بنای دیگری با سقف چوبی بنا کرد تا مردم در آن به نماز وعبادت بپردازند، وی سقفی نیز بر مرقد سایر شهداء زد، دیواری در اطراف کربلا کشید و خانه‌های زیادی در آنجا ساخت. این بنا در زمان خلافت طائع بالله بیست و چهارمین خلیفه عباسی توسط ضبّه بن محمد اسدی غارت شد. به گفته برخی این غارت در سال ۲۶۹ق بوده‌است.
پس از اطلاع عضدالدوله از غارت مرقد امام حسین(ع) توسط ضبه بن محمد اسدی، به عراق لشکر کشید و وی را متواری کرده و حرم امام حسین(ع) را تعمیر نمود. عضد الدوله در چهار طرف بقعه رواق ساخت، سپس رواقها را تزیین نمود، ضریحی با چوب ساج ساخته و توسط پارچه‌های دیباج پوشاند و مساحت حائر را ۲۴۰۰ قدم توسعه داد، سپس اطراف شهر را دیواری بلند و محکم محصور کرده و برای زراعت نهر آبی به کربلا کشاند.
مرحله نهم :غارت حرم در سال ۵۲۶ق
المسترشد بالله خلیفه سی ام عباسی در سال ۵۲۶ق به حرم امام حسین(ع) یورش برده و تمام تزئینات، جواهرات حرم را به غارت برد تا بین سربازان خود تقسیم کند، وی می‌گفت قبر نیازی به این جواهرات ندارد، وی و پسرش راشد پس از خروج از کربلا کشته شدند.
مرحله دهم حمله وهابیها
از سال ۸۵۸ تا سال ۱۲۱۶ق آسیبی به حرم نرسید تا اینکه در این سال در ۱۸ ذی الحجه وهابیها به سرکردگی سعود بن عبدالعزیز پس از تسلط بر حجاز به کربلا یورش برده خرابی‌های زیادی به بار آورده و افراد زیادی را قتل عام کردند. وهابیون به مرقد مطهر صدمات زیادی وارد کرده و ذخائر موجود در آن جا را به غارت بردند. کلید‌دار می‌نویسد:
«آنان درب‌های حرم و نرده‌های فلزی و آینه کاری حرم را کندند و اشیای قدیمی و هدایای پادشاهان و شاهزادگان ایرانی را به تاراج بردند. همچنین تزئینات دیوارها و طلاهای سقف، شمعدان ها، فرش‌های گرانبها، لوسترهای گران قیمت، درب‌های کنده کاری شده و غیره را تاراج کردند. افزون بر این کار نزدیک به پنجاه نفر را کنار ضریح و پانصد نفر را در صحن شریف به قتل رساندند. شهر کربلا را نیز ویران کردند و بی‌رحمانه به کشتار پیرمردان و کودکان و زنان و مردان و غارت خانه‌ها پرداختند و کسی از حمله وحشیانه آنان در امان نماند.»
این حادثه به قدری تاسف بار بود که وقتی میرزا ابوطالب اصفهانی، چندین ماه پس از این فاجعه به کربلا وارد شد، تلخ کامی‌ها و آشفتگی‌های ناشی از آن را چنین گزارش کرد:
«در صحن مقدس، خون مذبوحان روان، گنبد و حجره‌های صحن از لاش مقتولین پُر بود.، شدت آن حادثه به جایی رسید که من بعدِ یازده ماه از آن وارد کربلا شدم، هنوز آن قدر تازگی داشت که به جز نقل آن، حدیثی دیگر در شهر نبود و راویان در اثنای حکایت می‌گریستند و از شنیدن آن، موها بر اندام راست می‌شد.»
مرحله یازدهم :حمله مناخور روسی
«شخصی به نام سلیمان با تابعیت روسی، مدت‌ها مناخور (امیرآخور) والی