سید علی حسینی خامنه‌ای در مشهد متولد شد. تاریخ تولد او در شناسنامه ۲۴ تیرماه ۱۳۱۸ ه‍. ش مصادف با ۱۶ ژوئیهٔ ۱۹۳۹ میلادی ثبت شده‌است، اما خود او تاریخ صحیح زادروزش را ۲۹ فروردین همان سال می‌داند.