از «زید بن واقد» که سرپرست ساختمان و بنای جامع اموی در دوره ولید بوده است نقل شده که من به هنگام کار در جامع اموی شکافی در دیوار یافتم و به ولید بن عبدالملک گزارش دادم. وی آمد و آن را مورد بررسی قرار داد. در داخل آن شکاف صندوقی بود، وقتی آن را باز کردیم سبدی در آن دیده، وقتی سبد را گشودیم سری بریده در آن یافتیم؛ بر روی آن سبد نوشته شده بود: «هذا رَأسُ یحْیی بْنِ زَکریا». ولید امر کرد آن را بر جای خود گذاشته و ستون هایی بر آن قرار دادیم.[۲] از «ولید بن مسلم» نقل شده است که آن سر را از زیر گوشه ای از زوایای دیوار قبله بدست آوردیم که پوست و مو داشت و هنوز تغییر نیافته بود.
گویند سر یحیی علیه السلام در ابتدا از دمشق به «بعلبک» منتقل شد و پس از آن به حمص و آنگاه در قلعه حلب قرار داده شد. هنگام تسلط مغول بر حلب و قلعه آن، این سر به مکان جامع دمشق منتقل گردید.[۳