پاسخ منتظری به نامه امام روح الله(ره) دو روز پس از صدور نامه فوق، آقای منتظری در نامه ای از سمت قائم‌مقامی رهبری استعفا کرد . در قسمتی از نامه استعفای مرحوم منتظری به امام راحل آمده است:پس از سلام و تحیت، مرقومۀ شریفه مورخ 6/1/68 واصل شد. ضمن تشکر از ارشادات و راهنمایی‌های حضرتعالی به عرض می‌‏رساند، مطمئن باشید همان طور که از آغاز مبارزه تاکنون در همۀ مراحل همچون سربازی فداکار و از خود گذشته و مطیع در کنار حضرتعالی و در مسیر اسلام و انقلاب بوده‌‏ام، اینک نیز خود را ملزم به اطاعت و اجرای دستورات حضرتعالی می‏‌دانم؛ زیرا بقا وثبات نظام اسلامی مرهون اطاعت ازمقام معظم رهبری است. برای هیچ کس قابل شک نیست که این انقلاب عظیم تاکنون در سایۀ رهبری و ارشادات حضرتعالی از خطرات مهمی گذشته؛ و دشمنان زیادی همچون منافقین کوردل، که دستشان به خون هزاران نفر از مردم و شخصیتهای عزیز ما و از جمله فرزند عزیز خود من آغشته است، و سایر جناح‌های مخالف و ضد انقلاب و سازشکار و لیبرال مآب‌های کج فکر را رسوا واز صحنه خارج نموده است. راجع به تعیین اینجانب به عنوان قائم مقام رهبری، خود من از اول جداً مخالف بودم؛ و با توجه به مشکلات زیاد و سنگینی بار مسئولیت، همان وقت به مجلس خبرگان نوشتم که تعیین اینجانب به مصلحت نبوده است. و اکنون نیز عدم آمادگی خود را صریحاً اعلام می‏‌کنم. و از حضرتعالی تقاضا می‏کنم به مجلس خبرگان دستور دهید مصلحت آیندۀ اسلام و انقلاب و کشور را قاطعانه در نظر بگیرند. و به من اجازه فرمایید همچون گذشته یک طلبۀ کوچک و حقیر در حوزۀ علمیه به تدریس و فعالیتهای علمی و خدمت به اسلام و انقلاب، زیر سایۀ رهبری حکیمانۀ حضرتعالی، اشتغال داشته باشم. و اگر اشتباهات و ضعفهایی که لازمۀ طبیعت انسان است رخ داده باشد، ان شاءاللّه‏ با رهبریهای حضرتعالی مرتفع گردد. این عماریون