روشنکفری دینی حائری شیرازی اختلاف با بیت امام ماجرای شکایت سیدحسن خمینی از شهاب‌الدین حائری به سخنانی از حائری درباره آغاز جنگ باز می‌گردد. حائری شیرازی در مصاحبه‌ای که با دیدارنیوز داشته گفته بود آیت‌الله خمینی پیش از آغاز جنگ ایران و عراق سخنان تحریک‌آمیز زده است. ماجرا از این قرار بود که اسفند ماه سال ۱۴۰۱ حائری در کانال خود با اشاره به گفته «یکی از دوستان که از همکاران سیدمحمد خاتمی در وزارت ارشاد بود و عین مطلب را از مرحوم دعایی در مجلسی که او و سید محمدخاتمی و بعضی دیگر بودند شنیده است» و با عنوان اینکه «نام ایشان محفوظ است» نوشت که ایران در شروع جنگ مقصر است و با نقل خاطره ابراهیم یزدی، از سخنان تحریک‌آمیز آیت‌الله خمینی درباره عراق بعد از انقلاب انتقاد کرده بود. سایت جماران وابسته به سیدحسن خمینی در این‌باره نوشته «خود حائری شیرازی اذعان می‌کند که «مرحوم دعایی آن خاطرات را تکذیب کرده» و با این حال بدون هیچ مستندی می‌نویسد که ظاهرا مرحوم دعایی مجبور به تکذیب این خاطره شده که قبلا خود ناقل آن بوده است» بعد از این ماجرا موسسه تنظیم و نشر آثار امام خمینی اعلام کرد بنا به مسئولیت قانونی خود با طرح شکایت از شهاب‌الدین حائری خواهد خواست در دادگاه نسبت به ادعای خود پاسخگو باشد و بعد از آن «محمود نادری» داماد سیدمحمود دعایی درباره نقش دعائی در انتقال پیام صدام حسین به آیت‌الله خمینی، اعلام کرد «این موضع‌گیری‌ها با استناد به مواضع و سخنان نماینده ولی فقیه در موسسه اطلاعات نادرست و سناریویی برای تخریب وجهه بنیانگذار جمهوری اسلامی است.» او به سایت جماران گفته بود «مرحوم دعائی فقط یکبار صدام را هنگام دادن استوار نامه ملاقات کرده است. همچنین مرحوم دعائی رو در رو از ابراهیم یزدی بابت ذکر خاطره غیرواقعی گلایه کرد و تاکید داشت که علت اصلی حمله صدام به ایران، جبران حس تحقیر تاریخی در قرارداد ۱۹۷۵ الجزایر بود که با هدف از بین بردن این قرارداد، صورت گرفت.» همین موضوع باعث شکایت موسسه نشر آثار امام به نمایندگی سیدحسن خمینی از حائری شیرازی شد. البته حائری گفته «موسسه نشر آثار امام بی‌اخلاقی کرد و گفت من گفته‌‌ام امام آغازگر جنگ بوده، در حالیکه من گفته‌ام امام سخنان تحریک‌آمیز زده است. من کلیشه روزنامه ۲۹ فروردین ۵۷ روزنامه کیهان را گذاشته‌ام که امام گفته ارتشیان عراق قیام کنید و سخنان تحریک‌آمیز دیگر گفته بودند.» حائری همچنین نقدهای تندی علیه سیدحسن خمینی مطرح کرد و وضعیت او را به وضعیت «نوفل لوشاتو»ی آیت‌الله خمینی تشبیه کرد که آنجا ایشان سخن از هرگونه آزادی می‌زد و می‌گفت همه باید آزاد باشند و گفته بود الان که در قدرت نیست اجازه نمی‌دهد کسی درباره تاریخ حرف بزند و حتی تاریخ را تحریف می‌کند و شکایت می‌کند! حال اگر قدرت به دستش بیفتد، معلوم نیست چه خواهد کرد.