باکری در مدت مسئولیتش به عنوان فرمانده عملیات سپاه ارومیه تلاش‌های گسترده‌ای را در برقراری امنیت و پاکسازی منطقه از لوث وجود وابستگان و مزدوران شرق و غرب انجام داد و به‌رغم فعالیت‌های شبانه‌روزی در مسئولیت‌های مختلف، پس از شروع جنگ تحمیلی، تکلیف خویش را در جهاد با کفار بعثی و متجاوزین به میهن اسلامی دید و راهی جبهه‌ها شد. مهدی باکری، پاسدار نمونه، فرماندهی فداکار و ایثارگر، خدمتگزاری صادق، صمیمی، مخلص و عاشق حضرت امام خمینی(ره) و انقلاب اسلامی بود. با تمام وجود خود را پیرو خط امام می‌دانست و سعی می‌کرد زندگی‌اش را براساس رهنمودها و فرمایشات آن بزرگوار تنظیم کند، با دقت به سخنان حضرت امام(ره) گوش می‌داد، آنها را می‌نوشت و در معرض دید خود قرار می‌داد و آنقدر به این امر حساسیت داشت که به خانواده‌اش سفارش کرده بود که سخنرانی آن حضرت را ضبط کنند و اگر موفق نشدند، متن صحبت را از طریق روزنامه بدست آورند. او معتقد بود سخنان امام الهام گرفته از آیات الهی است، ‌ باید جلو چشمان ما باشد تا همیشه آنها را ببینیم و از یاد نبریم. زندگی ساده و بی‌ریای او زبانزد همه آشنایان بود. با توانایی‌هایی که داشت می‌توانست مرفه‌ترین زندگی را داشته باشد اما همواره مثل یک بسیجی زندگی می‌کرد. از امکاناتی که حق طبیعی‌اش نیز بود چشم می‌پوشید. تواضع و فروتنی‌اش باعث می‌شد که اغلب او را نشناسند. او محبوب دلها بود. همه دوستش می‌داشتند و از دل و جان گوش به فرمان او بودند. او نیز بسیجیان را دوست داشت و به آنها عشق می‌ورزید. می‌گفت: «وقتی با بسیجی‌ها راه می‌روم، حال و هوای دیگری پیدا می‌کنم، هرگاه خسته می‌شوم پیش بسیجی‌ها می‌روم تا از آنها روحیه بگیرم و خستگی‌ام برطرف شود. در برابر جان این بسیجی‌ها مسئولیم حتی برای حفظ جان آنها اگر متحمل یک میلیون تومان هزینه – برای ساختن یک سنگر که حافظ جان آنها باشد – بشویم. چون یک موی بسیجی، ‌ صد برابرش ارزش دارد.» در برابر دشمنان اسلام و انقلاب چون دژی پولادین و تسخیرناپذیر بود و با دوستان خدا، سیمایی جذاب و مهربان داشت. با وجود اندوه دائمش، همیشه خندان نشان می‌داد و بشاش. انسانی همیشه آماده به خدمت و پرتوان بود.