مهدی باکری با استعداد و دلسوزی فراوان خود توانست در «عملیات فتح‌المبین» با عنوان معاون «تیپ نجف اشرف» در کسب پیروزی‌ها مؤثر باشد. در این عملیات یکی از گردان‌ها در محاصره قرار گرفته بود که ایشان به همراه تعدادی نیرو، با شجاعت و تدبیر بی‌نظیر آنان را از محاصره بیرون آورد. در همین عملیات در منطقه «رقابیه» از ناحیه چشم مجروح شد و به فاصله کمتر از یک ماه در عملیات بیت‌المقدس (با همان عنوان) شرکت کرد و شاهد پیروزی لشکریان اسلام بر متجاوزین بعثی بود.
در مرحله دوم عملیات بیت‌المقدس از ناحیه کمر زخمی شد و با وجود جراحتهایی که داشت در مرحله سوم عملیات، به قرارگاه فرماندهی رفت تا برادران بسیجی را از پشت بی‌سیم هدایت کند.
در «عملیات رمضان» با سمت فرماندهی تیپ عاشورا به نبرد بی‌امان در داخل خاک عراق پرداخت و این بار نیز مجروح شد، اما با هر نوبت مجروحیت، وی مصمم‌تر از پیش در جبهه‌ها حضور می‌یافت و بدون احساس خستگی برای تجهیز، سازماندهی، هدایت نیروها و طراحی عملیات، شبانه‌روز تلاش می‌کرد.
در عملیات «مسلم بن عقیل» با فرماندهی او بر لشکر عاشورا و ایثار رزمندگان سلحشور، بخش عظیمی از خاک گلگون ایران اسلامی و چند منطقه استراتژیک آزاد شد.
باکری در «عملیات‌های والفجرمقدماتی و والفجر یک، دو، سه و چهار» با عنوان فرمانده لشکر عاشورا، در انجام تکلیف و نبرد با متجاوزین، آمادگی و ایثار همه‌جانبه‌ای را از خود نشان داد.
در «عملیات خیبر» و زمانی که برادرش حمید، به شهات رسید، با وجود علاقه خاصی که به او داشت، بدون ابراز اندوه با خانواده‌اش تماس گرفت و چنین گفت: «شهادت حمید یکی از الطاف الهی است که شامل حال خانواده ما شده است.» و در نامه‌ای خطاب به خانواده‌اش نوشت: «من به وصیت و آرزوی حمید که باز کردن راه کربلا است همچنان در جبهه‌ها می‌مانم و به خواست و راه شهید ادامه می‌دهم تا اسلام پیروز شود.»