او در سال ۱۳۶۴ به تهران منتقل شد و جانشین دادستان تهران شد. رئیسی در جریان اعدام‌های دسته‌جمعی زندانی‌های سیاسی در ۱۳۶۷ یکی از اعضای هیئت رسیدگی به وضعیت زندانیان سیاسی (معروف به «هیئت مرگ») بود و لقب «قصاب تهران» گرفت