موانع داخلی برای عیان‌شدن یک رابطه
رژیم پهلوی در 23 اسفند 1328 اسرائیل را به صورت «دوفاکتو» به رسمیت شناخت. شناسایی دوفاکتو، برخلاف شناسایی «دوژور»، به‌معنی شناسایی موقتی و به‌منظور برقراری مناسبات سیاسی در پایین‌ترین سطح است، اما این رابطه دوفاکتویی سرآغاز شروع رابطه‌ای پرماجرا بود.
شناسایی دوفاکتوی اسرائیل توسط دولت ایران با واکنش منفی مردم و محافل و شخصیت‌های ملی و مذهبی مواجه شد. شدیدترین بیانات و اعتراضات را آیت‌الله ابوالقاسم کاشانی مطرح کرد. وی حتی پیش از اعلام این تصمیم، در سخنرانی‌های خود اقدام سازمان ملل برای تقسیم فلسطین را امری ناحق دانسته و تأکید کرد که در حالی که حتی جنگ‌های صلیبی نتوانست «خاک مقدس را که وطن حقیقی مسلمین و اعراب است از چنگ آنها درآورد، فلاکت و بیچارگی مسلمانان به جایی رسیده که یک عده یهودی قاچاقچی بی‌وطن که مطرود جمیع بلاد عالم می‌باشند به زور دول بزرگ در آنجا مسکن گزیده‌اند... ما ایرانیان کاری به دولت نداریم. حتی اگر دولت اقدام به شناسایی اسرائیل کند، ایرانیان مسلمان بنا به تکلیفی که دارند قیام خواهند کرد و به این منظور تشکیلاتی را برای مبارزه با یهودیان [صهیونیست‌ها] به‌وجود آورده‌ایم».
تلاش‌های آیت‌الله کاشانی به صدور اعلامیه محدود نشد. در 20 دی‌ماه سال 1326 به دعوت وی بیش از سی‌هزار نفر از مردم تهران در مسجد شاه تجمع کردند. مأموران دولت هم با توسل به زور از سخنرانی آیت‌الله کاشانی در این اجتماع بزرگ جلوگیری کردند.
با کودتای 28 مرداد این گونه اقدامات روشنگرانه هم به حاشیه رفت، اما با آغاز نهضت انقلابی مردم ایران به رهبری امام خمینی در خرداد 1342، مبارزه با اسرائیل بار دیگر رونق گرفت. امام خمینی از همان ابتدا و در بخش زیادی از سخنرانی معروف خود در عصر عاشورای محرم 1383 (خرداد 1342) اسرائیل را یکی از دشمنان اصلی ملت ایران و عامل عقب‌ماندگی مسلمانان معرفی کرد. ایشان در این نطق آتشین با اشاره به اینکه اسرائیل نمی‌خواهد در این مملکت علمای اسلام و دانشمندان باشند و به وسیله عمّال سیاه خود ما [روحانیون] و شما ملت را می‌کوبد و می‌خواهد اقتصاد شما را قبضه کند افزودند: «امروز به من خبر دادند که عده‌ای از وعاظ و خطبای تهران را برده‌اند سازمان امنیت و تهدید کرده‌اندکه از سه موضوع حرف نزنند: از شاه بدگویی نکنند؛ به اسرائیل حمله نکنند و نگویند که اسلام در خطر است. دیگر هرچه بگویند آزادند. تمام گرفتاری‌ها و اختلافات ما در همین سه موضوع نهفته است... . اصولا چه ارتباط و تناسبی بین شاه و اسرائیل است که سازمان امینت می‌گوید از شاه صحبت نکنید و از اسرائیل نیز صحبت نکنید؟ آیا به نظر سازمان امنیت، شاه اسرائیلی است؟ آیا به نظر سازمان امنیت شاه یهودی است؟!».
تحت تأثیر همین اعتراضات و روشنگری‌ها، درحالی‌که اسرائیل بر برقراری مناسبات رسمی سیاسی بین دو کشور اصرار داشت، محمدرضا پهلوی محتاطانه با این قضیه برخورد می‌کرد. او در پاسخ به نامه‌ای که بن‌گوریون در اواخر خردادماه سال 1342 و در آخرین روزهای نخست‌وزیری‌اش فرستاد و تقاضای برقراری مناسبات رسمی سیاسی بین دو رژیم را تکرار کرد نوشت: نظریات شما را درک می‌کنم، اما مخالفت روحانیون جدی است و من در حال حاضر قادر به چنین کاری نیستم.
با این حال، روابط دو رژیم در زمینه‌های اقتصادی، تجاری و نظامی در تمام سال‌های دهه 1340 و 1350 با قوت ادامه داشت