این فصل از زندگانی فکری و سیاسی موسوی خوئینی ها، شنیدنی و عبرت آموز است. در واقع، در این مقطع است که آخرین نسخه از شخصیت وی بروز می کند و به رقم خوردن دو فتنه ی بزرگ می انجامد: فتنه ی سال 78 و فتنه ی سال 88. در هر یک از این فتنه ها، موسوی خوئینی ها، نقش کلیدی و محوری، اما پنهان و ناپیدا، بر عهده داشت. تحلیل و بازخوانی عملکرد و سیاست های او در «مرکز تحقیقات استراتژیک ریاست جمهوری»، روزنامه ی «سلام» و حزب «مجمع روحانیون مبارز»، این ادعا را به روشنی اثبات می کند. البته ناگفته نماند که چهره ی پردهنشین اصلاحات، همواره ترجیح داده در پشت صحنه ی سیاست، ایفای نقش و بازی گردانی کند تا ردپا و اثری از خود به جا نگذارد.