محمد موسوی خوئینی ها در سال 1369 از سوی رئیس جمهور وقت، هاشمی رفسنجانی، عهده دار ریاست «مرکز تحقیقات استراتژیک ریاست جمهوری» شد. او که تا سال 1372 در این جایگاه باقی ماند، برخی از عناصر کلیدی طیف چپ را که عموماً سمتی در نظام سیاسی نداشتند، در این مرکز، گرد هم آورد: سعید حجاریان (معاون سیاسی)، عباس عبدی (معاون اجتماعی)، محسن کدیور (معاون اندیشه)، هاشم آقاجری، علیرضا علوی تبار، مجید محمدی، مصطفی تاج‌زاده، بهزاد نبوی، محسن سازگارا، محمد امین‌زاده و محسن آرمین از جمله ی این افراد بودند. تمام تلاش های تئوریک مرکز تحقیقات استراتژیک ریاست جمهوری در این مقطع، معطوف به پروژه ای به نام «توسعه ی سیاسی» بود که البته ماهیت آن چیزی غیر از «دموکراتیزاسیون» به سبک غربی نبود.
این عده بر این باور بودند که تحقق توسعه ی سیاسی در ایران، نیازمند ایجاد تغییرات بنیادی در «ساختار سیاسی» نظام جمهوری اسلامی است. افزون بر این، باید «فرهنگ سیاسی» مردم نیز متناسب با فرهنگ یک جامعه ی توسعه یافته و مدرن، دگرگون شود. به این ترتیب، در قالب پروژه ای علمی- راهبردی در درون لایه ی تئوریک دولت هاشمی رفسنجانی، فرایند «استحاله » و «براندازی»، کلید خورد و تئوریزه گردید. همچنین در راستای تربیت نیروی انسانی و کادرسازی، موسوی خوئینی ها حدود پانصد نفر از نیروهای فکری دگراندیش را با بورس دولت، برای تحصیل رشته های مختلف علوم انسانی سکولار به دانشگاه های اروپایی اعزام کرد. این عده بعدها در جریان اصلاحات، به «نیروهای دانشگاهی» و «عقبه ی تئوریک مطبوعات زنجیره ای» تبدیل شدند. سرانجام، موسوی خوئینی ها در سال 72 از سمت خود استعفا می دهد و حسن روحانی جایگزین او می شود.