او از سال ۱۳۷۱ امامت جمعه شهر میبد را به عهده داشته است[۱] و در سال ۱۳۹۳ به امامت جمعه شهر قم انتخاب شد.[۲] او از ۱۳۸۷ تا ۱۳۹۷ ریاست جامعة المصطفی را برعهده داشت،[۳] از سال ۱۳۹۰ عضو حقیقی شورای عالی انقلاب فرهنگی است[۴] و در سال ۱۳۹۵ به عنوان مدیر حوزه علمیه قم[۵] و مدیر حوزه‌های علمیه سراسر کشور انتخاب شد.[۶] او همچنین مسئول حوزه‌های علمیه خواهران و برادران در میبد بوده است.[۷] اعرافی عضو جامعه مدرسین حوزه علمیه قم،[۸] عضو شورای عالی حوزه‌های علمیه، هیئت امنای دانشگاه علوم و معارف قرآن کریم[۹] و عضو هیئت امنای دانشگاه فرهنگیان است.