گاه‌های عملیاتی شخصا حضور می‌یافت و همپای رزمندگان اسلام به بررسی طرح‌ها و نقشه‌های عملیات هوایی می‌پرداخت. شهید بابائی به کمک همکارانش در مدت ایام حج سال 1366 طرحی را برای عبور سالم کشتی­‌های تجاری در خلیج فارس به اجرا درآورد، ماحصل‌اش عبور امن چهل فروند کشتی غول‌پیکر تجارتی از تنگه خورموسی بود. وی برای پیشرفت سریع عملیات به نظارت بر کارها اکتفا نمی‌کرد و علیرغم ممانعت‌هایی که برای جلوگیری از پرواز وی به دلیل سمتی که داشت به وجود می‌آوردند خود شخصا در پروازهای عملیاتی شرکت می‌کرد و با مهارت و شجاعتی خاص به مقابله با دشمنان اسلام می‌پرداخت. او با اینکه معاون عملیات نیروی هوایی بود هیچگاه خود را از صحنه نبرد جدا نمی‌کرد و همیشه در میدان‌­های جنگ حضور داشت و می­‌گفت: «اگر پرواز نکنم، احساس ضعف خواهم کرد زیرا هستی خود را در میدان جنگ می­‌بینم»