پس از اعلام جنگ صدام به ایران، هنوز یك ماه از آغاز جنگ نگذشته بود كه دادستان‌انقلاب‌اسلامی آبادان 41 نفر از اعضای سازمان‌منافقین را به اتهام جاسوسی بازداشت كرد. عمده فعالیت این سازمان در خلال جنگ هشت ساله را می‌توان اعزام گروه‌هایی برای انجام عملیات ترور و خرابكاری، به ویژه ترور رزمندگان و فرماندهان نظامی در داخل ایران، جاسوسی از تحركات نظامی ایران، انجام تبلیغات مسموم از طریق رادیوی اختصاصی این گروه در عراق و نیز شایعه‌سازی برای تحت‌الشعاع قرار دادن حمایت‌های مردمی از جبهه‌ها دانست. نهایتا اطلاعات نظامی باارزشی كه از تحركات نظامی نیروهای ایران و مختصات دقیق پایگاه‌های نظامی و مراكز صنعتی در اختیار ارتش عراق قرار دادند، توانستندكمك‌های ارزشمندی را برای دستیابی به اهداف نظامی رژیم بغداد به آنان ارائه كنند. اما نكته‌ای كه باید به آن توجه كرد این است كه در دستگاه‌های اجرایی اگرچه هزینه‌هایی به دولت و نظام تحمیل كرد، اما در نهایت به برملا شدن چهره‌منافقانه‌مجاهدین ختم شد و آنان را بیش از پیش از مردم دور كرد تا اینكه رزمندگان اسلام در ضربه آخر را به آنان وارد كردند.