سخنان استاد فاطمی‌نیا درباره امام خمینی (ره): در‌ بخشی از مصاحبه ای که با استاد فاطمی نیا رضوان الله علیه انجام گرفته بود، ایشان وقتی در مورد برخی بزرگانی که درک کرده بودند نقل و خاطراتی داشتند ، به شخصیت عالیقدر حضرت امام خمینی اعلی الله مقامه حق شناسی و ادای احترامی خاصی داشتند . به گزارش خبرنگار حوزه مسجد و هیأت خبرگزاری فارس، مرحوم آیت‌الله سید عبدالله فاطمی‌نیا علامه و محقق دینی در بیاناتی درخصوص امام خمینی (ره) اظهارداشت: من حاج حسین فاطمی از شاگردان میرزا جواد ملکی را در ۱۰۰ سالگی زیارت کردم. او می‌گفت آقا میرزا جواد در من تصرفی کرد و من دیگر غیبت نکردم . آیت الله حاج آقا‌ حسین فاطمی ره به دنبال نگارش کتابی علیه کارهای حضرت امام ره بود . در بیان خاطراتش افزود : حاج آقا سیدحسین فاطمی بعد از قیام امام خمینی (ره) یک کتاب در رد کارهای انقلابی امام نه در رد خود ایشان می‌نویسد. چه بسا او معتقد بود در عصر غیبت نباید اقداماتی این چنین کرد. افرادی که به دیدار ایشان می‌رفتند می‌دیدند که در حال نگارش کتابی با مضمون مخالفت با امور انقلابی حاج آقا روح الله بودند، یک عارف درحال نگارش کتابی علیه عارف دیگری بود تا بگوید کار این آقا را نمی‌پسندم. افراد دیگری هم بودند که می‌گفتند این آقا را قبول داریم اما کارهایش را نمی‌پسندیم. حاج آقا حسین فاطمی کتاب ۳۰۰ صفحه‌ای خود را پاره کردند مرحوم استاد فاطمی‌نیا گفت: آقایی به نام سنجیده در قم یکی از راویان این ماجراست که می‌گوید روزی به منزل حاج آقا حسین رفتم و دیدم کتاب را پاره کرده است و دور انداخته اند . از ایشان ماجرا را پرسیدم که گفتند : کتاب من به ۳۰۰ صفحه رسیده بود. در خواب دیدم که حرم خانم‌ حضرت معصومه (س) را قرق کردند و می‌گفتند که امام زمان علیه السلام در حال زیارت هستند و کسی نباید وارد شود.من التماس کردم و من را راه دادند. حاج‌آقا حسین افزود: من وارد شدم و دیدم امام زمان سلام الله علیه در حرم هستند و حالتی دارند که گویی منتظر کسی هستند. یک دفعه حاج آقا روح‌الله آمد و امام زمان سلام الله علیه تمام قد بلند شد و احترامش کردند .با او معانقه کردند و در حین معانقه انگار به من فرمودند: ایشان را رد می‌کنی؟ ایشان موید از جانب ماست. از خواب بیدار شدم دیدم عجب خطایی کردم و تمام کتاب را پاره مرحوم استاد فاطمی‌نیا تصریح کردند : علامه آیت الله سید مرتضی عسکری بعد از رحلت امام خمینی (ره) تجلیل ویژه‌ای در یک کنگره بین المللی از ایشان داشت که این امر موجب شد برخی از افراد که با انگیزه ضدیت با نظام دور علامه عسکری جمع شده بودند، از ایشان فاصله بگیرند. آدم حسابی نمی تواند مخالف امام خمینی ره باشد . آقا میرزا جواد تهرانی قدش خمیده بود و به حد رکوع رسیده بود و با امام ۱۸۰ درجه اختلاف مبنایی داشت اما حتی به جبهه هم رفت زیرا فهمید ایشان برای خدا قیام کرد. یک آدم حسابی و پاکیزه نمی‌تواند مخالف امام باشد، افراد مخالف یا پاکیزه نیستند یا غافل هستند که امیدواریم خدا هدایتشان کند. این استاد اخلاق در جای دیگری گفته بود که مرحوم آیت الله العظمی بهاءالدینی می‌فرمود تمام انبیاء الهی صلواه الله علیهم به وجود امام خمینی(ره) مبتهج هستند.