گرچه نهضت آزادی با دیگر نیروهای ضد انقلاب، اعم از چپ و راست، دارای اختلاف فکری و بینشی بود، اما داشتن هدف مشترک، یعنی مقابله و مخالفت با انقلاب و رهبران آن و به خصوص روحانیت، همه نیروهای اپوزیسیون را در عمل، به مواضع واحد و مشترک رسانید. نهضت آزادی در دوران حیات حضرت امام با چند برخورد و شکست مواجه شد از جمله آن می‌توان به نامه افشاگرانه حضرت امام به حجت الاسلام محتشمی پور وزیر کشور وقت اشاره کرد که طی آن حضرت امام خطر این گروه را به دلیل تفسیر سطحی از اسلام گوشزد نموده و عدم صلاحیت آنان برای دخالت در امور دولتی را تأکید نمودند در بخشی از این نامه چنین آمده است :پرونده این نهضت و همین طور عملکرد آن در دولتِ موقتِ شهادت می‌دهد که نهضت به اصطلاح آزادی طرفدار جدی وابستگی کشور ایران به آمریکا است، و در این باره از هیچ کوششی فروگذار نکرده است...به حسب این پرونده‌های قطور و نیز ملاقات‌های مکرر اعضای نهضت، چه در منازل خودشان و چه در سفارت امریکا و به حسب آنچه من مشاهده کردم از انحرافات آن‌ها...و به حسب امور بسیار دیگر، نهضت به اصطلاح آزادی صلاحیت برای هیچ امری از امور دولتی یا قانونگذاری یا قضایی را ندارند؛ و ضرر آن‌ها، به اعتبار آنکه متظاهر به اسلام هستند و با این حربه جوانان عزیز ما را منحرف خواهند کرد و نیز با دخالت بیمورد در تفسیر قرآن کریم و احادیث شریفه و تأویل‌های جاهلانه موجب فساد عظیم ممکن است بشوند، از ضرر گروهک‌های دیگر، حتی منافقین این فرزندان عزیز مهندس بازرگان، بیشتر و بالاتر است...نهضت به اصطلاح آزادی و افراد آن چون موجب گمراهی بسیاری از کسانی که بی‌اطلاع از مقاصد شوم آنان هستند می‌گردند، باید با آن‌ها برخورد قاطعانه شود، و نباید رسمیت داشته باشند.( صحیفه امام، ج20، ص 481-482) 2. دوره دوم ؛ 1373 تا کنونبا درگذشت مهندس بازرگان، ابراهیم یزدی به دبیر کلی این حزب برگزیده شد. البته ید الله سحابی تا زمانی که در قید حیات بودتلاش نمود تا نفوذ خود را به عنوان ارشدترین فرد این حزب حفظ کند.ابراهیم یزدی در انتخابات ریاست جمهوری 1376 رسماً خود را با وجود علم به رد صلاحیت خود به دلیل نفی برخی از اصول قانون اساسی  مثل ولایت فقیه و مخالفت با اساس نظام، به عنوان نامزد ریاست جمهوری معرفی نمود وبه دنبال رد صلاحیت وی، با تحریم انتخابات موج اتهام بر علیه نظام را به راه انداخت.مهم‌ترین رویکردها و مواضع نهضت آزادی در دوره دبیر کلی ابراهیم یزدی عبارت است  از :طرح دیدگاه‌های تجدید نظر طلبانه به بهانه برگزاری مراسم تجلیل از بازرگان و سحابی ، اشاعه تفکر سکولار مبنی بر جدایی دین از سیاست ،نادیده گرفتن قانون اساسی و عدم التزام به قانون اساسی به خصوص اصل ولایت فقیه ، دامن زدن به اختلافات میان نیروهای انقلاب ،دامن زدن به مسائل قومیت‌ها ،فعال کردن بخش‌های دانشجویی برای انجام فعالیت‌های رادیکالی که جلوه‌ای از آن در 18 تیر78 مشاهده شد https://eitaa.com/joinchat/1676804212C6788504d95