حضرت آیت الله خامنه‌ای در پیامی درگذشت مرحوم آقای حاج علی شمقدری را تسلیت گفتند. متن پیام رهبر انقلاب اسلامی به این شرح است: بسم الله الرحمن الرحیم با تأثر فراوان اطلاع یافتم که دوست و همراه قدیمی، مرد مؤمن و انقلابی و متشرع، پدر شهید و برادر شهید، مرحوم آقای حاج علی آقای شمقدری رحمة الله علیه دارفانی را وداع کرده است. اینجانب در بیش از نیم قرن آشنائی با این برادر با ایمان و پرتلاش، همواره او را در جبهه‌ی حق، به پایداری و غیرت و صدق و وفا شناخته‌ و از او جز نیکی و مجاهدت ندیده‌ام، رحمت و رضوان خدا بر او باد. وظیفه میدانم که به همسر مؤمن و صبور و فرزندان صالح و مکرّم و نیز به دیگر بازماندگان و همه‌ی دوستان و آشنایان آن مرحوم تسلیت عرض کنم و حشر او با شهیدان و بندگان صالح را از خداوند مسألت نمایم. سید علی خامنه‌ای ۲۸ شهریور ۱۳۹۹