شیخ طوسی در شب دوشنبه ۲۲ محرم سال ۴۶۰ درگذشت و در نجف در خانه خویش به خاک سپرده شد. بنا به وصیت وی، آن جا تبدیل به مسجد شد. این مسجد هم‌اکنون در قسمت شمال بقعه علوی، به نام مسجد طوسی معروف است.