آیت الله نکونام در عرصه علم و فرهنگ، خدمات بسیار دارد. او سال‌ها برای تبلیغ به شهرها و روستاهای مختلف کشور سفر کرده و مردمان بسیاری را با احکام اسلام آشنا ساخته است. او بیش از سی و پنج سال به تدریس دوره سطح پرداخت و از این راه طلاب بسیاری را تربیت کرد که بسیاری از آن‌ها خود، از مدرسان حوزه علمیه قم به شمار می‌آیند. وی از سال ۱۳۶۷ تا سال‌های پایانی عمر خود در دانشگاه قم نیز به تدریس پرداخته است.
همچنین سال‌ها استاد راهنمای مدارج علمی شورای عالی برای پایان نامه نویسی بوده و بیش از بیست سال به تدریس مکاسب و کفایه اشتغال داشته است. حدود ۱۱ سال به تدریس خارج فقه و از سال ۱۳۹۷ یک روز هفته را به تدریس تفسیر قرآن کردیم اختصاص داده بود.
در سال ۱۳۸۳ عضو جامعه مدرسین شد و از سال ۱۳۸۸ عضویت هیئت ارشاد و تذکیر را پذیرفت. از سال ۱۳۹۱ به مدت چهار سال به عضویت شورای عالی حوزه‌های علمیه منصوب شد. وی از سال ۱۳۹۲ عضویت مجمع مشورتی فقهی شورای نگهبان را پذیرفت.
فعالیت‌های سیاسی
استاد نکونام در انقلاب همواره از سیل خروشان ملت ایران در برقراری نظام اسلامی و تحکیم پایه‌های آن جدا نبوده و در مواقع نیاز انجام وظیفه نموده است.