وقوع انقلاب مهدی باکری نقش فعالی در سازماندهی بخشی از نیروهای سپاه پاسداران انقلاب اسلامی داشت. وی برای مدتی نیز شهردار ارومیه بود و دوره کوتاهی نیز دادستان دادگاه انقلاب ارومیه بود. او همزمان با فعالیت در سپاه، مسئولیت شهرداری ارومیه را نیز بر عهده داشت. باکری اندکی پس از آغاز جنگ ایران و عراق ازدواج کرد و یک روز پس از ازدواج نیز عازم جبهه‌های جنوب شد.