همواره یکی از مهم‌ترین ریشه‌های مشکلات اقتصادی کشور از سوی کارشناسان اقتصادی، کسری بودجه عنوان شده است. دلیل این کسری بودجه چیست و برای درمان آن چه باید کرد؟  بودجه کشور را می‌توان مانند یک دفتر حسابداری دارای دو بخش «درآمدها» و «هزینه‌ها» تعریف کرد. تحقق پیدا نکردن درآمدها برای تأمین هزینه‌ها «کسری بودجه» گفته می‌شود. نگاهی به بودجه چند سال اخیر کشور نشان می‌دهد، بودجه حتی در زمان تدوین و تصویب نیز با کسری نوشته شده است! یعنی حتی روی کاغذ هم امکان تأمین هزینه‌های کشور از طریق درآمدهای واقعی میسر نشده است. افزون بر کسری پیش‌بینی شده در بودجه، محقق نشدن درآمدها در بخش فروش نفت نیز کسری بودجه را افزایش داده است. کارشناسان اقتصادی بر حسب دلایلی که برای کسری بودجه مطرح می کنند، راهکارهایی را پیشنهاد می دهند. مثلا برخی ریشه کسری را در نابرابری درآمدها و مخارج دولت ها ذکر می کنند. بنابراین، راهکارهای آنها این است که یا باید درآمدها افزایش یابد یا مخارج کاهش پیدا کند.   در حال حاضر، حدود یک سوم درآمد کشور از محل مالیات، یک سوم از محل نفت و یک سوم باقیمانده از محل درآمدهای اختصاصی دولت، فروش اوراق و فروش اموال دولت تأمین می‌شود. بنابراین، می‌توان گفت فقط درآمد مالیاتی، یعنی یک سوم درآمد دولت، واقعی و مناسب است. دولت برای رفع این مشکل تمرکز خود را بر روی درآمدهای مالیاتی قرار داده است. البته برخی از کارشناسان اقتصادی ظرفیت موجود برای کسب درآمد از طریق ترانزیت کالا برای ایران را تا ۵۰ میلیارد دلار تخمین زده‌اند که تاکنون درصد بسیار ناچیزی از آن فعال شده است. گزارش گمرک ایران نشان می‌دهد، درآمدهای ایران از محل ترانزیت در دولت سیزدهم به سرعت افزایش یافته است. برای نمونه، گزارش گمرک نشان می‌دهد، تجارت در پایانه خراسان جنوبی ۴۲ درصد، آستارا ۴۸ درصد و گمرک پرویزخان در کرمانشاه ۲۳۱ درصد افزایش یافته است. در سایر گمرکات نیز این روند سریع افزایشی آغاز شده است. استمرار این روند به تأمین درآمدهای کشور از محل منابع پایدار منجر می‌شود. در سال ۱۴۰۱، در مقایسه با سنوات گذشته کمترین میزان کسری بودجه رخ داده است؛ به گونه‌ای که دولت به هیچ وجه برای تأمین هزینه‌های خود از بانک مرکزی استقراض نکرده است