پس از آن که حکومتِ عراق، ظلم و ستم خویش را افزایش داد و به کشتار مردم مسلمان و روحانیان ادامه داد. آیت الله سیدمحمدباقر صدر در فتوایی اعلام جهاد نمود و فرمود: بسم الله الرحمن الرحیم. بر همه ملت مبارز و مسلمان عراق واجب کفایی است که به قیام مسلحانه علیه حزب بعث و سردمداران آن دست زنند... تا خود را از چنگال این دژخیمان خون خوار نجات دهند. سیدمحمدباقر صدر.پس از صدور این فتوا، حکومت عراق وحشت کرد و بی درنگ منزل شهید صدر را محاصره نمودند. بنت الهدی، خواهر آیت الله شهید صدر که همواره، هم گام و دوشادوش شهید صدر، در راه زنده نگه داشتن اسلام، مبارزه می کرد، در پیامی شورانگیز چنین گفت: به خدا سوگند! من در آرزوی شهادت در راه خدا زنده ام. من تا زمانی که مطمئن هستم، کارم برای خداست، به راه خود ادامه خواهم داد؛ چه در این راه بمیرم و چه زنده بمانم، امّا شهادت آرزویی است که مُدام مرا به سوی خود می کشد. تا خدا چه خواهد. وقتی شهید آیت الله صدر را، حکومت عراق دستگیر کرد، رئیس سازمان امنیت نجف، از ایشان پرسید که تو عرب هستی، چرا از ایران و انقلاب آن طرف داری می کنی و چرا همه فعالیت های خودت را در راه کمک به ایران و خمینی منحصر کرده ای. چرا برای مطهری که یک آخوند فارسی زبان ایرانی بود، در نجف مجلس ختم بر پا می کنی و برای چه با خمینی رحمهم الله مکاتبه می کنی؟ آیت الله صدر با خشم گفت: من یک مسلمانم و در برابر همه مسلمانانِ جهان، مسؤول هستم و باید به مسؤولیت جهانی خویش عمل کنم. و این مربوط به عرب و عجم، ایران و غیر ایران نیست. و از این راه یک قدم به عقب نخواهم گذاشت. هنگامی که آیت الله سیدمحمدباقر صدر، توسط رژیم بعث عراق دستگیر شد، یکی از یاران و دوستان آیت الله صدر به بنت الهدی خواهر شهید صدر پیشنهاد کرد که مدتی سکوت نماید و پنهان شود و در برابر ظلم و ستم رژیم عراق اعتراض نکند، اما بنت الهدی در جواب چنین گفت: مسؤولیت شرعی، ما را بر آن می دارد که در برابر ظلم و ظالم، این چنین موضع گیری کنیم. دیگر زمان سکوت به سر آمده است. ما باید صفحه دیگری از جهاد و مبارزه بگشاییم. ما سال های متمادی سکوت کرده ایم و هر چه بیشتر سکوت کنیم دشمنان ما گستاخ تر می شوند. چرا باید ساکت باشیم؟آن گاه بنت الهدی به سوی مرقد مولا علی می رود و پس از زیارت، در بازار شهر ندای اللّه اکبر سر می دهد و علیه رژیم بعث عراق، برای مردم تبلیغ می کند. ژیم بعث عراق، در تاریخ 16 فروردین 1359، آیت الله سیدمحمدباقر صدر و خواهرش بنت الهدی را دستگیر و به بغداد می برد. رئیس سازمان امنیت کشور عراق، آیت الله صدر را به مرگ تهدید می کند و از ایشان می خواهد که چند کلمه، علیه انقلاب اسلامی ایران بنویسد تا از مرگ نجات یابد. اما آیت الله صدر مخالفت کرده و می گوید: «من آماده شهادتم.» آن گاه این خواهر و برادر مجاهد و عالم را به شکنجه گاه می برند و به شهادت می رسانند. سرانجام در تاریخ 19 فروردین 1359، در نیمه های شب جنازه آن دو شهید را به خانواده شان تحویل می دهند. پس از شهادت آیت الله سیدمحمد باقر صدر و خواهر گران قدرش بنت الهدی صدر، حضرت امام خمینی در پیامی فرمود: بسم الله الرحمن الرحیم. انالله و انا الیه راجعون. با کمال تأسف... مرحوم آیت الله شهید سیدمحمد باقر صدر و هم شیره مکرّمه مظلومه او که از معلمین دانش و اخلاق و مفاخر علم و ادب بود... با وضع دل خراشی به درجه رفیعه شهادت رسیده اند... . این جانب برای بزرگ داشت این شخصیت علمی و مجاهد که از مفاخر حوزه های علمیه از مراجع دینی و متفکران اسلامی بود، از روز چهارشنبه سوم اردیبهشت به مدت 3 روز عزای عمومی اعلام می کنم.... و از خداوند متعال، خواستار جبران این ضایعه بزرگ می باشم.اگر چه شهید آیت الله سیدمحمدباقر صدر، همواره در سنگر جهاد و مبارزه بود، با این وجود، 22 اثر گران بهایی از او به جای مانده که مهم ترین آنان عبارتند از: 1ـ فَدَکْ در تاریخ. 2ـ نهایت اندیشه در علم اصول. 3ـ فلسفه ما. 4ـ اقتصاد ما. 5ـ فتوای روشن. 6ـ بانک بدون ربا در اسلام. 7ـ امام مهدی، حماسه ای از نور. 8ـ ولایت از نظر عقل و فطرت. 9ـ نقش امامان در اسلام. 10ـ نظام عبادت از دیدگاه اسلام.