سیستم هدف گیری الکترواپتیکال (EOTS) یک حسگر مادون قرمز با وضوح بالا است که تصویر واضحی از محیط اطراف را حتی در شرایط دید کم به خلبان می دهد. EOTS همچنین می تواند اطلاعات هدف گیری سلاح های هوا به زمین را ارائه دهد. سیستم دیافراگم توزیع شده (DAS) شبکه ای متشکل از شش دوربین مادون قرمز است که در اطراف هواپیما نصب شده است که به خلبان دید ۳۶۰ درجه از منطقه اطراف را می دهد. DAS همچنین قادر است اهداف را با موشک های هوا به هوا ردیابی و درگیر کند. مجموعه جنگ الکترونیک F-۳۵ شامل بسیاری از حسگرها و پارازیت‌ها برای شناسایی و اختلال در سیستم‌های ارتباطی و رادار دشمن است