سال ۶۱ هجری قمری که حرکت حسین بن علی (ع) به سمت عراق آغاز شد، شمر اخبار این حرکت را دقیقاً پیگیری می‌کرد. او از جمله افرادی بود که عبیدالله بن زیاد او را برای پراکنده کردن مردم کوفه از اطراف مسلم بن عقیل به دارالاماره فرستاد. پس از آنکه امام حسین به کربلا رسید،عمر بن سعد، فرمانده لشکر کوفه، قصد جلوگیری از جنگ و خون ریزی داشت و به دنبال راه حل مسالمت آمیز بوداما شمر، ابن زیاد را که به نظر می‌رسید با قصد عمر بن سعد موافق است به جنگ با امام تشویق کرد. عبیدالله هم نظر شمر را قبول کرد، او را فرمانده سپاه با ۴۰۰۰ جنگجو کرد و همراه با نامه‌ای به طرف عمربن سعد فرمانده کوفه به کربلا فرستاد تا از حسین بخواهد که یا تسلیم شود و یا به جنگ تن دهد و به دنبال این نامه گفت ای عمر سعد، اگر این‌کار را انجام نمی‌دهی از لشکر ما کناره بگیر و لشکر را به شمربن ذی الجوشن واگذار. در روز عاشورا او فرمانده پیاده‌های لشکر کوفه بود.