ورود دیوان محاسبات به ماجراهای دبیرخانه شورای عالی مناطق آزاد پرداخت اضافه کار، خرید و اهدای کارت هدیه، واگذاری زمین یا واحد مسکونی به کارکنان، تبدیل وضعیت کارکنان از قرارداد موقت به دائم، بکارگیری افراد بازنشسته یا بازخرید شده، عدم اجرای ماده ۲۹ برنامه ششم توسعه و عدم اخذ پایان کار ساختمان جدید دبیرخانه مواردی است که دیوان خواستار رفع ابهام آنها شده است