محاصره محل اقامت ایشان در شهر ری از سوی حکومت، یکی از عوامل اصلی خشم و خروش مردم مشهد گردید و به کشتار بیرحمانه در مسجد گوهرشاد در 21 تیرماه انجامید. آیت الله قمی مدتی پس از این کشتار، به عتبات عالیات تبعید شد و مأموران شهربانی درصدد دستگیری دوستداران ایشان از جمله شیخ محمدتقی بهلول برآمدند. شیخ محمدتقی بهلول برای پیگیری اوضاع و جویا شدن از احوال شیخ قمی به مشهد رفته بود که مأموران شهربانی، در پی مداخله زائران و خدام برای فراری دادن وی، او را در صحن کهنه زندانی کردند. ولی مردم در صحن جمع شدند و با حمله به مأموران، ایشان را آزاد کردند.