آیت الله سید مصطفی خمینی در نیمه شب یکشنبه اول آبان 1356 به شکل مرموزانه‌ای به شهادت رسید. در پی شهادت او امام قدس سره در یادداشتی چنین مرقوم کردند:   بسمه تعالی انا لله و انا الیه راجعون در روز یکشنبه نهم شهر ذی القعدة الحرام 1397، مصطفی خمینی نور بصرم و مهجه قلبم دار فانی را وداع کرد و به جوار رحمت حق تعالی رهسپار شد. اللهم ارحمه و اغفر له و اسکنه الجنّة بحقّ اولیائک الطّاهرین علیهم الصّلوة و السّلام.    با انتشار خبر، حوزه نجف در هاله‌ای از غم و اندوه فرو رفت. درس ها تعطیل شد و روحانیت به سوگ نشست. جنازه آن شهید توسط یاران و شاگردان او به کربلا برده شد. در این مراسم جمعیت انبوهی شرکت کردند و جنازه را با آب فرات غسل داده و در محل خیمه گاه امام حسین (ع) کفن کردند و پس از طواف در حرم مطهر حضرت سید الشهداء (ع) و حضرت عباس (ع) به نجف بازگرداندند و روز بعد جنازه آن شهید از مسجد بهبهانی (واقع در بیرون دروازه نجف) با شرکت انبوهی از علما، فضلا، طلاب، کسبه، اصناف و دیگر اهالی نجف به طرف صحن مطهر علوی تشییع شد. امام قدس سره در مسجد بهبهانی حضور یافت و پس از توقفی کوتاه و خواندن فاتحه با قامتی استوار به خانه بازگشت و در مراسم تشییع و خاکسپاری شرکت نکرد. در هنگان تشییع جنازه بازار نجف یکپارچه تعطیل شد. آیت الله خویی قدس سره در صحن مطهر امام علی (ع) بر جنازه شهید نماز خواند و در کنار مقبره علامه حلی قدس سره به خاک سپرده شد. #رهنمودرهبر @basyrat_ir