واکنش انقلابیون انتشار خبر این دیدار، مبارزین و علمای انقلابی حوزه را سخت خشمگین کرد. آیت‌الله صدوقی که در چندماه اخیر چند نامه انتقادی نیز به آیت‌الله خوئی نوشته ، یک روز پس از دیدار، تلگرافی مختصر ولی تند به ایشان می‌زند:  «حضرت آیت‌الله الخویی دامت بقائه قَد اَذهَبَت طَیّباتُکُم، ما هکذا الظّنُّ بکُم صدوقی 20/ذی‌الحجه/98» نمایندگان آیت‌الله خویی در ایران از جانب طلاب، علما و بدنه روحانیت مبارز ایران به شدت زیر فشار انتقاد می‌روند و از آنها خواسته می‌شود درباره چرایی و چگونگی این دیدار توضیح دهند. در همین روز، اعلامیه‌ای با امضای فضلا و طلاب حوزه علمیه قم منتشر می‌شود که ضمن اظهار تاسف از اینکه «راه یافتن عنصر کثیفی از این دستگاه جبار و طاغوتی نزد شخصیتی به عنوان مرجع می‌تواند لکه ننگی بر دامن روحانیت شیعه که همیشه پاسدار پرچم مبارزه با ظلم و طاغوت در تاریخ بوده است باشد»؛ اعلام می‌کنند «فضلا و طلاب حوزه علمیه قم به حکم وظیفه الهی و وجدانی خود تصمیم گرفته‌اند به عنوان ابراز مخالفت با این عمل و تا روشن شدن بیشتر جریان این دیدار، از گرفتن شهریه آقای خویی امتناع نمایند.»   بر اساس گزارش های  ساواک از مشهد حضرات آیات سیدحسن طباطبایی قمی و سید عبدالله شیرازی نیز  علیه آیت‌الله خویی موضع‌گیری کردند.  ساواک نیز می‌کوشد با سوء استفاده از تضادهای سیاسی بین هواداران امام و آیت‌الله خوئی از سویی و تضادهای قومیتی و آذری بودن آیت‌الله خوئی از سوی دیگر در تنور اختلافات بدمد