مسجد الاقصی در قسمت جنوبی حرم شریف، مکانی وجود دارد که آن را مسجد الاقصی می‌نامند. این مسجد با گنبدی تقریباً سبز رنگ مزین شده و از نظر معماری بنایی جالب توجه است. بنای این مسجد توسط عبدالملک مروان نهاده شد. این بنا به مرور زمان آسیب‌های جدی به خود دید که در دوره‌های مختلف نیز مورد بازسازی قرار گرفت، امّا همان گونه که بیان شد، این مکان با این که اسم مسجد الاقصی را به همراه دارد، اما به هیچ عنوان تمام مسجد الاقصی نیست، بلکه بخشی از مسجد الاقصی است که در اسلام، مقدس شمرده شده است.