این باره اطمینان داشت، براساس گزارش های منطقی و اصولی وی و آیت الله مهدوی کنی، بنی صدر را از فرماندهی کل قوا عزل کرد و به دنبال آن مجلس شورای اسلامی رأی به عدم کفایت سیاسی بنی صدر داد.(13) بنابراین، بنی صدر در 31 خرداد 1360 از ریاست جمهوری عزل شد و در ششم مرداد همین سال به دلیل هراس از خشم ملت، با لباس زنانه، مخفیانه به فرانسه گریخت و مردم، شهید رجایی را به عنوان ریاست جمهوری برگزیدند. رجایی در این انتخابات 88 درصد آراء را به خود اختصاص داد. او در یازدهم مرداد 1360 در برابر امام خمینی زانو بر زمین زد و نهایت خضوع را در برابر رهبری و ولایت فقیه بروز داد و بدین گونه دوره 29 روزة ریاست جمهوری وی آغاز شد. او که از همان آغاز با تهدید جدی مخالفان و گروه های معارض نظام از جمله منافقین روبه رو بود، با نهایت اقتدار وظایف انقلابی و مکتبی خویش را در حد توان و به نحو احسن انجام داد و در ششم شهریور 1360 با انفجار بمب در ساختمان نخست وزیری به همراه نخست وزیر دانشمند خود دکتر محمدجواد باهنر به شهادت رسید. پیکر آن دو بزرگوار بعد از تشییعی باشکوه در بهشت زهرای تهران دفن گردید.(14) از دیدگاه امام خمینی امام خمینی، رجایی را انسانی متعهد، خدمتگزار و سربازی گرانقدر و از بهترین افرادی معرفی کرد که با رفتار خود معلم اخلاق بود.(15) از دیدگاه امام از هنگامی که رجایی مشغول دستفروشی بود تا وقتی که به ریاست جمهوری رسید، در روح و روانش تغییری پیدا نشد و در واقع او بر مقام تسلط یافت، نه آنکه جاه و منصب بر وی غلبه نماید.(16) به باور امام، رجایی رئیس جمهوری محبوب و مکتبی بود که ملت او را از خود می دانست. رجایی که اوقاتی را در حبس و زجر گذرانیده بود، زندگی ساده ای داشت و با وجود تنگناها و گرفتاری های فراوان، برای رفع مشکلات مردم فداکارانه تلاش می کرد، به همین دلیل مردم او را از خودشان می دانستند.(17) امام خمینی در 11 مرداد 1360 و به هنگام تنفیذ حکم ریاست جمهوری شهید رجایی، در فرازی از بیانات خود فرمودند: تقارن رأی گیری برای رئیس جمهور با ایام و لیالی قدر مبارک قدر (رمضان المبارک 1401 هجری) و تنفیذ آن با عید سعید فطر، موفقیت آقای رئیس جمهور را در خدمت به کشور و ملت عزیز نوید می دهد.(18) و در پی شهادت رجایی و باهنر فرمودند: «در عین حال که شهادت این دو بزرگوار برای من بسیار مشکل است، می دانم که آنها به رفیق اعلی متصل شده اند و برای آنها آرامش هست و رسیدند به مطلوب خودشان و از این جهت به آنها و خانواده های آنان و ملت اسلامی تبریک عرض می کنم که چنین شهدایی تقدیم می کنند. در عین حال که برای این شهدا متأثر هستیم و اینها اشخاص ارزنده ای برای ملت ما و برای جمهوری ما بودند، لکن ما باز در صف های دنبال آنها اشخاص متعهد داریم و ملتی که هیچ گونه عقب نشینی در این مسایل نخواهند کرد و به این ترتیب جمهوری اسلامی آسیبی نخواهد دید».(19) قناعت و ساده زیستی رجایی در ایام نخست وزیری بسیار ساده، قانع و صرفه جو بود و ساختمان قدیمی بهارستان را به عنوان مکان نخست وزیری برگزید. اعتقاد داشت اگر محل کار تشریفاتی و رفاه زده باشد، بر خلق و رفتار آدمی اثر منفی می گذارد و او را اسیر پست و مقام می سازد. اغلب ناهار، شام و صبحانه اش را در محیط کار صرف می کرد و همان غذایی را می خورد که دیگران می خوردند. می گفت برایش قابل تحمل نیست که مردم درنهایت فقر، محرومیت و ناداری زندگی کنند، ولی خود از مزایای فزون تری برخوردار باشد. می گفت اگر فارغ از دنیای رنج دیدگان زندگی کنیم، رنج آنان و دردها و آلام شان برایمان محسوس نخواهد بود. رجایی درنهایت سادگی، بی آلایشی و به دور از تشریفات و رفتارهای ساختگی و ظاهرگرایانه که کاذب و دروغین بود، در فضایی آغشته به محبت، اخوت و عطوفت با اقشار گوناگون ارتباط برقرار می کرد و بر سر سفره آنان می نشست و غذا می خورد. در اوایل تشکیل دولتش دستور داده بود از ناهار و شام ساده کمیته مرکزی استفاده شود. هیچ گاه حاضر نبود غذایی غیر از آنچه کارکنان دفتر و محافظانش می خوردند، بخورد و در این مسیر بسیار جدی و مصمم بود. یک بار در مسافرتی سفره ای آراسته برایش تدارک دیدند. رجایی وقتی دید در این سفره رنگ تجمل و تنوع طلبی دیده می شود، به دست اندرکاران گفت: «برادران! این رسم امانتداری در مسئولیت از جانب مردم نیست. هر چه زودتر از اضافات کم کنید، چون من که تازه از سخن گفتن برای مردم محروم و ستمدیده آمده و آنها را در راه تحقق اهداف جمهوری اسلامی به شکیبایی در مقابل کمبودها و به قناعت در بهره برداری از امکانات و رعایت صرفه جویی توصیه کرده ام، نمی خواهم مشمول «رطب خوردۀ منع رطب کرده» شوم و تمام گفته های خویش را زیر پا بگذارم و خود بر سر سفره ای بنشینم که حکایت از دوران فراخی نعمت ها و وسعت روزی ها می کند. انقلاب، ارزش ها را تغییر داده است. ما چرا نباید خود را با این روند هماهنگ کنیم و ا