سال 1341 با انقلاب سفید مخالفت کرد، آیت الله حسین غفاری در دادگاهی در تاریخ 5 آبان ماه سال 1353 به 8 ماه زندان محکوم شد، و در زندان بر اثر شدت شکنجه و فشارهای وارده در تاریخ 6 دی ماه همان سال به شهادت رسید. پیکر ایشان با حضور برخی از علما تشییع شده و در قبرستان دارالسلام قم به خاک سپرده شد. بتول غفاری دختر آیت‌الله در خاطره‌ای از روز تحویل پیکر پدرش، گفت: «پشتِ سر پدرم را طوری با مته سوراخ کرده بودند که انگشت دستم داخل سرش فرو می‌رفت. پاهایش را طوری تا زانو در روغن زیتون سوزانده بودند که گوشت پاهایش پخته و کاملا سوخته بود. دستش را طوری شکسته بودند که از آرنج‌ آویزان بود. بدتر از همه موقع تحویل پیکر پدر، به ما گفتند باید امضا دهید که پدرتان به مرگ طبیعی مرد.»