درگیری شیخ محمدتقی بافقی با رضاخان در فروردین ۱۳۰۷ به اوج خود رسید. در این سال، همسر رضاخان و گروهی از زنان دربار، برای حضور در مراسم نوروزی، دوشنبه ۲۹ اسفند ماه ۱۳۰۶، وارد حرم حضرت معصومه(س) شدند و در غرفه بالای ایوان آیینه دقایقی بی‌چادر ماندند.وقتی شیخ محمدتقی بافقی از این ماجرا آگاه شد، پیغامی برای زنان فرستاد و به حضور آنان در حرم، بدان وضع اعتراض کرد و چون مؤثر واقع نشد، شخصاً به آنجا آمد و از ایشان خواست تا حرم را ترک کنند. خانواده شاه به خانه تولیت رفتند و این واقعه را به تهران خبر دادند. رضاخان ملعون بی‌درنگ، همراه با وزیر دربار و یک فوج زرهی، از تهران روانه قم شد، نظامیان را در منظریه قم مستقر کرد و خود به همراه عده‌ای از گارد، وارد شهر شد. رضاخان با چکمه وارد حرم شد و افراد گارد، عده‌ای را مضروب و بافقی را دستگیر کردند.برخی از محققان، واکنشِ تند شیخ را به حضور زنان بی‌حجاب در حرم حضرت معصومه در ۱۳۰۷ش، سبب تأخیر هشت ساله در کشف حجاب می‌دانند.با این حال تصمیم جدّی رضاخان درباره رفع حجاب پس از سفر او به ترکیه (۱۳۱۳) بوده است. به طور کلی، شجاعت بافقی در رویارویی با رضاخان، تأثیر شایانی درحوزه علمیه قم بر جای نهاد به طوری که امام خمینی در درس اخلاقی که در دهه ۱۳۱۰-۱۳۲۰ در آن شهر می‌داد، بافقی را به عنوان نمونه‌ای ذکر می‌کرد که باید سرمشق قرار گیرد.