قبل تر از اینها، امام خمینی(ره) در بهمن ماه سال 66 و خطاب به حجت‌الاسلام محتشمی‌پور، نظر خود درباره مرحوم بازرگان و نهضت آزادی را اینطور بیان می‌کنند: در موضوع نهضت به اصطلاح آزادی مسائل فراوانی است که بررسی آن محتاج به وقت زیاد است. آنچه باید اجمالاً گفت آن است که پرونده این نهضت و همین‌طور عملکرد آن در دولتِ موقتِ اولِ انقلاب شهادت می‌دهد که نهضت به اصطلاح آزادی طرفدار جدی وابستگی کشور ایران به امریکا است، و در اینباره از هیچ کوششی فروگذار نکرده است؛ و حمل به صحت اگر داشته باشد، آن است که شاید امریکای جهانخوار را، که هرچه بدبختی ملت مظلوم ایران و سایر ملتهای تحت سلطه او دارند از ستمکاری اوست، بهتر از شوروی ملحد می‌دانند. و این از اشتباهات آنها است.
در هر صورت، به حسب این پرونده‌های قطور و نیز ملاقاتهای مکرر اعضای نهضت، چه در منازل خودشان و چه در سفارت امریکا و به حسب آنچه من مشاهده کردم از انحرافات آنها، که اگر خدای متعال عنایت نفرموده بود و مدتی در حکومت موقت باقی مانده بودند ملتهای مظلوم بویژه ملت عزیز ما اکنون در زیر چنگال امریکا و مستشاران او دست و پا می‌زدند و اسلام عزیز چنان سیلی از این ستمکاران می‌خورد که قرنها سر بلند نمی‌کرد، و به حسب امور بسیار دیگر، نهضت به اصطلاح آزادی صلاحیت برای هیچ امری از امور دولتی یا قانونگذاری یا قضایی را ندارند؛ و ضرر آنها، به اعتبار آنکه متظاهر به اسلام هستند و با این حربه جوانان عزیز ما را منحرف خواهند کرد و نیز با دخالت بی مورد در تفسیر قرآن کریم و احادیث شریفه و تأویل های جاهلانه موجب فساد عظیم ممکن است بشوند، از ضرر گروهکهای دیگر، حتی منافقین این فرزندان عزیز مهندس بازرگان، بیشتر و بالاتر است.
نهضت آزادی و افراد آن از اسلام اطلاعی ندارند و با فقه اسلامی آشنا نیستند. از این جهت، گفتارها و نوشتارهای آنها که منتشر کرده‌اند مستلزم آن است که دستورات حضرت مولی الموالی امیرالمؤمنین را در نصب ولات و اجرای تعزیرات حکومتی که گاهی بر خلاف احکام اولیه و ثانویه اسلام است، بر خلاف اسلام دانسته و آن بزرگوار را نعوذبالله - تخطئه، بلکه مرتد بدانند! و یا آنکه همه این امور را از وحی الهی بدانند که آن هم بر خلاف ضرورت اسلام است. نتیجه آنکه نهضت به اصطلاح آزادی و افراد آن چون موجب گمراهی بسیاری از کسانی که بی‌اطلاع از مقاصد شوم آنان هستند می‌گردند، باید با آنها برخورد قاطعانه شود، و نباید رسمیت داشته باشند