حجت الاسلام سید مجتبی خامنه ای متولد سال ۱۳۴۸ در مشهد است.
تحصیلات دبیرستان خود را در مدرسه علوی گذراند. نخستین استادان دروس حوزوی او سید محمود هاشمی شاهرودی و پدرش بودند و در سال ۷۸، برای تحصیلات حوزوی وارد حوزه علمیه قم شد. وی در حال حاضر در قم به تدریس دروس حوزوی مشغول است.
سید مجتبی خامنه ای در سال ۶۵ زمانی که ۱۷ سال داشت به جبهه رفت و عضو گردان حبیب ابن مظاهر شد که از معروف ترین گردان های لشکر ۲۷ محمد رسول‌الله بود. او در چند عملیات از جمله بیت‌المقدس ۲، بیت المقدس ۳، بیت‌المقدس ۴، والفجر ۱۰ و مرصاد حضور داشت.
شهید سردار نورعلی شوشتری از فرماندهان جنگی ایران درباره ی حضور وی در جنگ گفته است:
… به دفعات در جبهه نبرد حاضر شدند و در عملیاتهای مختلف شرکت کردند؛ مثلاً یک شب در عملیات «بیت‌المقدس ۳» بود که دیدیم «آقا سید مجتبی» با پسر آقای هاشمی رفسنجانی، آن جا ظاهر شدند. اما در هنگامی که من مشغول صحبت با بی‌سیم و انجام کارهای دیگر بودم، با فرزند آقای هاشمی راه افتادند به طرف خط، من هر چه کردم نتوانستم آن‌ها را نگه دارم و رفتند. بعد با فرمانده لشگرشان تماس گرفتم و گفتم: اینها دارند می‌آیند مواظب باش که در خط شکنی شرکت نکنند. روز بعد که به منطقه رفتم، دیدم اینها روی ارتفاعات «قَشَن» جایی که در نوک نقطه دفاعی قرار داشت و در محلی که واقعاً هم تخلیه مجروح از آن جا سخت بود و هم رساندن مهمات و آذوقه خیلی مشکل بود.
سید مجتبی خامنه ای داماد غلامعلی حداد عادل است. وی در سال ۷۸ با زهرا حداد عادل، دومین دختر غلامعلی حداد عادل ازدواج کرد
ما را مدافعان ولایت❤️ آفربده اند....