انند.در برخی از منابع متأخر، از ام محمد، زینب و میمونه نیز به عنوان دختران آن حضرت یاد شده است
حکومت عباسی دو بار امام محمد تقی(ع) را به بغداد احضار کرد. سفر اول در زمان مأمون چندان طولانی نبود. بار دوم، در ۲۸ محرم سال ۲۲۰ق، به دستور معتصم عباسی وارد بغداد شد و در ذی القعدة یا ذی‌الحجه همان سال در بغداد به شهادت رسید. روز شهادت وی، در بیشتر منابع، آخر ذی‌القعده است
اما در برخی منابع تاریخ شهادت او، ۵ ذی‌الحجه یا ۶ ذی‌الحجه ذکر شده است. پیکر او را در کنار جدش موسی بن جعفر(ع) در مقبره قریش در کاظمین به خاک سپردند. سن او را به هنگام شهادت ۲۵ سال گفته‌اند.ازاین‌رو، جوان‌ترین امام شیعیان به هنگام شهادت بوده است.
برخی علت شهادت وی را سعایت ابن ابی‌دؤاد (قاضی بغداد) در نزد معتصم دانسته‌اند. دلیل آن هم پذیرفته‌شدن نظر امام درباره قطع دست سارق بود که باعث شرمندگی ابن ابی‌دؤاد و شماری از فقیهان و درباریان شده بود
درباره چگونگی شهادت پیشوای نهم شیعیان اختلاف است. در برخی از منابع آمده است که معتصم به وسیله منشی یکی از وزیرانش او را مسموم کرد و به شهادت رساند. برخی معتقدند که معتصم به وسیله ام الفضل ایشان را مسموم کرد
به گزارش مسعودی، مورخ قرن سوم قمری، معتصم و جعفر بن مأمون در اندیشه کشتن محمد بن علی(ع) بودند. چون جوادالأئمه از ام الفضل فرزندی نداشت، جعفر، ام الفضل (خواهرش) را تحریک کرد که محمد بن علی را مسموم کند. آن دو انگوری را به سم آغشته کردند و به امام خوراندند. ام الفضل پس از آن که امام را مسموم کرد، پشیمان شد و گریست؛ اما امام به او خبر داد که به بلایی دچار می‌شود که قابل درمان نباشد
درباره چگونگی شهادت او به دست ام الفضل گزارش‌های دیگری نیز وجود دارد.
بر اساس روایتی دیگر، وقتی مردم با معتصم بیعت کردند، او به عبدالملک زیات، والی مدینه، طی نامه‌ای از او خواست محمد بن علی(ع) را همراه با ام الفضل روانه بغداد کند. وقتی امام جواد(ع) وارد بغداد شد، معتصم به ظاهر او را احترام کرد و تحفه‌هایی برای او و ام الفضل فرستاد. بر پایه این روایت، معتصم شربت پرتقالی به وسیله غلام خود به نام اشناس برای او فرستاد
اشناس به امام گفت: خلیفه، پیش از شما از این شربت به گروهی از بزرگان از جمله احمد بن ابی‌دؤاد و سعید بن خضیب نوشانده و امر کرده که شما هم از آن بنوشید. امام فرمود: «آن را در شب می‌نوشم»؛ اما اشناس اصرار کرد که باید خنک نوشیده شود. سپس امام از آن نوشید و بر اثر آن به شهادت رسید.
شیخ مفید در شهادت جوادالأئمه(ع) با سم تردید کرده و گفته است در این خصوص برای من خبری ثابت نشده است که به آن شهادت دهم. عده‌ای از این عبارت شیخ مفید چنین برداشت کرده‌اند که وی قائل به شهادت امام جواد نبوده و رحلت او را طبیعی دانسته است؛[نیازمند منبع] اما برخی از محققان شیعه با استناد به روایت «ما مِنّا إلّا مقتولٌ شهیدٌ»
و همچنین ذکر شواهدی که از شهادت امام جواد(ع) حکایت دارد، سخن شیخ مفید را حمل بر تقیه کرده‌اند. از نظر آنان، شیخ مفید ساکن بغداد بود و با توجه به جو حاکم بر علیه مکتب اهل بیت و شیعیان، شیخ مفید نمی‌توانست به صراحت عقاید شیعه در مورد شهادت ائمه(ع) به‌دست عباسیان را ذکر کند. ازاین‌رو تقیه کرده است. این احتمال نیز ذکر شده که با توجه به نبود منابع کافی و سختی دسترسی به منابع اصلی، این مطلب به دست او نرسیده است
دوران امامت
امام جواد(ع)، پس از شهادت امام رضا(ع) در سال ۲۰۳ق به امامت رسید. مدت امامت او هفده سال بود که با خلافت دو تن از خلفای عباسی، مأمون عباسی و معتصم عباسی همزمان بود. حدود ۱۵ سال آن در خلافت مأمون(۱۹۳-۲۱۸ق) و ۲ سال در خلافت معتصم(۲۱۸-۲۲۷ق) سپری شد. با شهادت او در سال ۲۲۰ق، امامت به فرزندش امام هادی(ع) منتقل شد.
بحث طولانی شد از صبر و شکیبایی شما مومنان خدا سپاسگزارم