البته ریاست حماس بر دولت خودگردان فلسطینی‌ تا سال ۲۰۰۷ بیشتر دوام نیاورد؛ اسرائیل در سال ۲۰۰۵ نیروهای خود را از باریکۀ غزه خارج کرده بود که به دنبال آن، درگیری‌های داخلی بین گروه‌های فلسطینی منجر به بیرون راندن نیروهای امنیتی تشکیلات خودگردان از غزه شد و حماس کنترل کامل این باریکه را به‌دست گرفت. محاصرۀ باریکۀ غزه توسط رژیم صهیونیستی نیز از همان زمان آغاز شد. شهید اسماعیل هنیه سال ۲۰۱۷ به ریاست دفتر سیاسی حماس انتخاب و جانشین خالد مشعل در این سمت شد. ایالات متحده آمریکا یک سال پس از آن نام شهید هنیه را در فهرست «تروریسم» قرار داد و او را تحریم کرد. وزارت خارجه آمریکا در بیانیه‌ای شهید اسماعیل هنیه را متهم کرد که «روابط نزدیکی با شاخۀ نظامی حماس دارد [...] و از جنگ مسلحانه از جمله علیه غیرنظامیان پشتیبانی می‌کند». پس از حملۀ ۷ اکتبر جنگ کنونی در غزه در پی حملۀ غافلگیرکنندۀ حماس به جنوب سرزمین های اشغالی آغاز شد؛ در حملۀ ۱۵ مهر گذشته، حدود ۱۲۰۰ اشغالگر کشته و بیش از ۲۵۰ نفر به دست اعضای حماس اسیر شدند. پس از حملۀ هفتم اکتبر (۱۵ مهر ۱۴۰۲)، تصاویری از اسماعیل هنیه به همراه شماری دیگر از رهبران حماس در دفتر این گروه در دوحه، پایتخت قطر منتشر شد که آن‌ها را در حال پی‌گیری اخبار از یک شبکۀ تلویزیونی و «سجدۀ شکر» در ابراز شادمانی از آن حمله نشان می‌داد. خانوادۀ شهید هنیه شهید اسماعیل هنیه با دختر عموی خود، امال هنیه ازدواج کرد. حاصل این ازدواج ۱۳ فرزند، شامل هشت پسر و پنج دختر، است. حازم، امیر و هنیه سه تن از پسران هنیه در حملات هوایی اسرائیل به نوار غزه در جنگ جاری علیه فلسطینیان به شهادت رسیدند.