ادواردو آنیلی در ۲۴ آبان ۱۳۷۹ش برابر با ۱۵ نوامبر ۲۰۰۰م در ۴۶ سالگی در ایتالیا درگذشت. جسد وی در بزرگراه تورینو-ساوونا زیر پل ژنرال فرانکو رومانو کشف شد. پرونده او برخلاف روال رایج در ایتالیا که اجساد را کالبدشکافی می‌کردند، بدون کالبدشکافی و تحقیق بسته شد. برخی رسانه‌ها و شخصیت‌ها از جمله جوزپه پوپو روزنامه‌نگار و نویسنده ایتالیایی، علت مرگ او را به استناد مدارک و شواهدی قتل و ترور اعلام کردند. انجمن اسلامی دانش‌آموختگان ایرانی در ایتالیا نیز ادواردو را شیعه انقلابی معرفی و صهونیست‌ها را عامل شهادت او اعلام کرد. به گفته محمدحسین قدیری، ادواردو پیش‌بینی کرده بود که صهیونیست‌ها او را به خاطر مسلمان شدنش ترور می‌کنند و قتلش را خودکشی جلوه می‌دهند. @yousof_e_moghavemat