پس از اعلام مرجعیت آیت‌الله سید محمد شیرازی، آیت‌الله شیخ یوسف خراسانی از علمای طراز اول کربلا اعلام کرد که: او قطعا مجتهد نیست! طیف شیرازی در کربلا درپی این اظهار نظر، به ایشان نسبت «جنون» داد!

پس از اعلام مرجعیت آیت‌الله سید محمد شیرازی، آیت‌الله العظمی سید محمود شاهرودی از مراجع نجف اعلام کرد که: اجتهاد وی نزد ما با دلایل شرعی ثابت نشده است. طیف شیرازی در کربلا در پی این اظهار نظر، به ایشان نسبت «فراموشی» داد! ‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌

پس از اعلام مرجعیت آیت‌الله سید محمد شیرازی، آیت‌الله العظمی سید ابوالقاسم خویی از مراجع نجف و به دفعات اعلام کرد که به اجتهاد وی اعتقاد ندارد. طیف شیرازی در کربلا در پی این اظهار نظر، به ایشان نسبت «عدم سیادت» داد!

شهید آیت‌الله العظمی سید محمدباقر صدر پس از توهینهای طیف شیرازی به مراجع و علمای بزرگ نجف و کربلا، در نامه‌ای به شیخ علی کورانی نوشت: «شیرازیها اعصاب خود را از دست داده اند... کسی از علمای نجف از هتک آنها سالم نماند، خصوصا آقای حکیم وآقای خویی!».

آبان 1344 استفبال آیت‌الله سید محمد شیرازی از امام خمینی در کربلا. بسیاری بر این باورند که وی با این استقبال، در صدد ترمیم جایگاه اجتماعی خویش بود

در بدو ورود امام خمینی به عراق،سید مجتبی شیرازی برادر کوچکتر آیت‌الله سید محمد شیرازی،شعری تحت عنوان «الخمینی العظیم» سرود که در فضای فرهنگی وسیاسی آن دوره، بازتاب زیادی داشت.

دیدار آیت‌الله سید محمد شیرازی با آیت‌الله العظمی سید محسن حکیم. پس از درگذشت آیت‌الله حکیم، عده‌ای از روحانیون کربلا، مردم را به تقلید از آقای شیرازی ارجاع دادند. این عده وجاهت علمی و حوزوی چندانی نداشتند

دهه 40 کربلا آیت‌الله سید محمد شیرازی در کنار برادرانش سید صادق و سید مجتبی شیرازی

دوستان نظرتون هم بگید سوال و شبه اگه دارید . بفرمایید ر توانستم جواب می دهم https://harfeto.timefriend.net/17330742496519

در دوران مرجعیت آقای شیرازی در کربلا، عده‌ای از اعضای حزب‌الدعوه در این شهر، با سکوت و حمایت ضمنی وی، از سوی رژیم بعث عراق اعدام شدند. بسیاری این نکته را، نقطه‌ای سؤال برانگیز در کارنامه وی قلمداد می‌کنند

در سالیان دهه 40 آقای سید حسن شیرازی از سوی عوامل حزب بعث عراق دستگیر و مورد شکنجه قرار گرفت. او با وساطت امام خمینی از زندان آزاد شد و عراق را ترک کرد آقای سید حسن شیرازی پس از خروج از عراق، فعالیت هایی را در لبنان و سوریه آغاز کرد. به شهادت اسناد او در این دوره، با ساواک مرتبط شد و گزارش هایی را بدان ارسال داشت. آقای سید حسن شیرازی پس ازآغاز فعالیت در لبنان، با امام موسی صدر دچار اختلاف شد. ساواک در این فرآیند، حامی آقای شیرازی بود.

به شهادت برخی اسناد، در پی بروز اختلافات سید حسن شیرازی با امام موسی صدر، امام خمینی مقلدان خویش را از پرداخت وجوه شرعیه به شیرازی منع کردند. در پی تضادهای روی داده بین آیت‌الله سید محمد شیرازی با حزب بعث عراق، وی در سالیان پایانی دهه 40 ناگزیر از ترک عراق گردید. او درکشور کویت ساکن شد برحسب پاره‌ای اسناد وشواهد، آیت‌الله سید محمد شیرازی پس از استقرار در کویت، برخلاف دوران اقامت در عراق، از هرگونه واکنش منفی نسبت به حکومت محمدرضاپهلوی در ایران امتناع ورزید. او در این دوره حتی، برخی یاران امام خمینی را نیز از ادامه مبارزات برحذر می داشت