سید حسن آیت، به‌عنوان یک جوان عمیقاً مذهبی، طبعاً نمی‌توانست هیچ همراهی با حزب توده مارکسیست داشته باشد، با ملی‌گرایان مصدقی هم هیچ سر سازگاری نداشت. آیت اعضای جبهه ملی را ضدشرع می‌دانست. درباره نهضت آزادی که به‌نوعی انشعاب مسلمانان جبهه ملی بود، آیت معتقد بود که آنها صرفاً از دین به‌عنوان عامل جذب نیرو و همچنین همراه کردن روحانیت استفاده می‌کنند، و عملاً هیچ اعتقادی به ورود دین به سیاست ندارند، از همین رو با دیدگاه آیت درباره رابطه دین و سیاست سازگار نبودند. خود آیت درباره دیدگاهش نسبت به ملی‌گرایان مصدقی گفته بود:
"من از همان سالهای 1332 که روزنامه شورش به‌عنوان ارگان تبلیغاتی استعمارگران و به‌عنوان بزرگترین مدافع مصدق، سنگین‌ترین اتهامات و فحش‌های رکیک را به آیت‌الله کاشانی می‌داد، به مظلومیت این شخصیت مجاهد اسلامی پی بردم و راه او را به‌عنوان راه اسلام و آزادی تشخیص دادم".