عارف حسین، فرزند سید فضل حسین، در ۴ آذر ۱۳۲۵ش برابر با ۲۵ نوامبر ۱۹۴۶م و ۱ محرم ۱۳۶۶ق در روستای پیوار، از توابع شهرستان پاراچنار، در پاکستان، در خانواده‌ای مذهبی و روحانی از سادات پاکستان به دنیا آمد. زادگاه او در نوار مرزی پاکستان و افغانستان قرار گرفته است که در آن سه قبیله غندی خیل، علی‌زئی و دویرزئی زندگی می‌کنند. حسینی از قبیله پشتون دویرزئی بود. سلسله‌نسب او به شاه شرف بوعلی قلندر بن سید فخر ولی می‌رسد که در کرمان مدفون است. چون نسب ایشان را به حسین الاصغر، فرزند امام سجاد(ع)، منتهی می‌دانند، خاندان وی به حسینی معروف است.[۱] اجداد او که بسیاری از آنان روحانی و مبلّغ بودند برای نشر معارف اسلامی و اهل بیت(ع) در منطقه پیوار و نواحی آن فعالیت داشتند. حسینی دوران کودکی را در زادگاه خود سپری کرد و قرآن کریم و تعالیم ابتدایی دینی را نزد پدرش، که روحانی بود، فراگرفت. سپس به مدرسه رفت و بعد از اتمام دوره دبستان و راهنمایی، راهی دبیرستانی در پاراچنار گردید. در ۱۳۴۳ش دیپلم گرفت و پس از آن به مدرسه جعفریه پاراچنار رفت و فراگیری دروس دینی را نزد حاجی غلام جعفر لقمان‌خیل آغاز کرد و در مدت کوتاهی ادبیات عرب را فراگرفت. زبان مادری او پشتو بود. علاوه بر آن، وی به فارسی و عربی و اردو نیز تسلط داشت.[۲] در نجف حسینی در ۱۳۴۶ش برای ادامه تحصیل به نجف رفت و علاوه بر تکمیل دانش ادب عربی نزد مدرس افغانی، استاد معروف ادبیات عرب در حوزه علمیه نجف و سپس قم، دروس سطح مقدماتی و عالی فقه و اصول را نزد استادان مختلف آموخت. آشنایی با امام خمینی وی توسط سید اسدالله مدنی با امام خمینی آشنا شد و در حلقه درس ایشان شرکت کرد. در ۱۳۵۲ش، او را به جرم شرکت در فعالیت‌های انقلابی، دستگیر و زندانی و پس از مدتی از نجف اخراج کردند.