مصطفی تحصیلات دینی خود را در اصفهان و تحت نظر میر محمدتقی مدرسی ادامه داد. پس از آن به همراه همسر و نخستین فرزندش – مولودآغا – راهی نجف و سامرا شد و تحصیلات خود را به مدت بیش از پنج سال و با هدایت مراجعی هم چون میرزا حسن شیرازی – مرجع تقلید و فقیه شیعه - ادامه داد.[۱] این شیوه، شیوهٔ رایج تحصیلات دینی آن زمان بود، به گونه ای که تحصیلات پایه ای و مقدماتی در ایران صورت می گرفت و ادامهٔ تحصیلات در مقاطع بالاتر در شهرهای مذهبی عراق – عتبات – ادامه می یافت. در واقع خمینی اولین رهبر مذهبی محسوب می شد که تمام مراحل تحصیلات دینی اش در داخل ایران صورت گرفت.[۲] در سال ۱۳۱۲ هجری قمری (معادل با ۱۲۷۴ هجری شمسی) سید مصطفی بعد از اتمام تحصیلات خود در عراق، به خمین بازگشت.[۱][۳] آن طور که از اجازه ها و اوراق و کتاب های او برمی آید، سیدمصطفی به درجهٔ اجتهاد رسیده و لقب «فخرالمجتهدین» را گرفته بود.